Mots-Clés

bioinformatique scaffolding mobilome bactérie NGS Illumina

Description

Le séquençage de génomes complets (Whole Genome Sequencing WGS) est une approche de plus en plus utilisée en surveillance pour caractériser et comparer les agents pathogènes. En effet, le WGS permet d'obtenir de nombreuses informations sur le génome de ces agents pathogènes, depuis la reconstruction du génome bactérien, jusqu'à son typage en MLST (Multi Locus Sequence Typing), cgMLST (core genome ...), la caractérisation de son mobilome (phages, plasmides) et la recherche de gènes spécifiques (antibiorésistance, virulence, etc...).

L'ANSES développe actuellement un outil dédié à l'analyse de données génomiques bactériennes obtenues par séquençage short read Illumina, commun à tous les laboratoires de l'agence.

Dans ce cadre, nous souhaitons améliorer nos étapes de caractérisation du mobilome (clustering de plasmides, recherche de gènes d'antibiorésistance et de virulence), ainsi que de scaffolding en nous basant sur des graphes issus de pangénomes.

Sous l'encadrement de votre maître d'apprentissage, vous serez amené à participer au développement des activités bioinformatiques inhérentes au bon fonctionnement de la plateforme de séquençage, partciper au développement des outils nécessaires et au traitement de données issues du séquençage à haut débit.

L'apprentissage peut se faire sur 12 à 24 mois.

Compétences python, snakemake, conda/mamba appréciées