Mots-Clés

Single cell RNAseq, gene expression analysis, Mapping, visualisation et représentation des données biologiques, statistiques exploratoires et inférentielles

Description

Le projet de création d’une plateforme de détection de Biomarqueurs Diagnostiques et Pronostiques cliniques et précliniques a été porté par l’Institut Blood & Brain @Caen-Normandie (BB@C) et le GIP Cyceron (UAR 3408-US50) afin de répondre aux enjeux en matière de recherche biomédicale.

Créée en 2023, la plateforme InnovaSEQ – Cell sorting and NGS @ Caen Normandie est une plateforme de service universitaire, dont le CNRS est partenaire, hébergée au sein du Bâtiment Biologie Recherche du CHU de Caen Normandie.

InnovaSEQ propose des équipements et prestations de tri cellulaire et séquençage haut débit pour des projets de recherche. Elle offre la possibilité de réaliser du tri cellulaire et du séquençage haut débit pour l’étude de l’ADN pour une médecine personnalisée ainsi que l’analyse de l’expression des gènes à partir de tous types d’échantillons (RNAseq) et de cellules ou noyaux individuels (Single Cell et Single nuclei RNAseq). Couplées à des analyses de génomique, protéomique et/ou d’imagerie, ces données peuvent être intégrées dans des approches multimodales visant à corréler différents biomarqueurs et déterminer leur impact sur la prédiction d’apparition et d’évolution d’une pathologie.

InnovaSEQ propose son expertise en transcriptomique et génomique afin d’accompagner la communauté scientifique et médicale, publique ou privée, dans la recherche de nouveaux biomarqueurs pronostiques et diagnostiques afin de créer un effet levier pour une recherche d’excellence et permettre une meilleure prise en charge des patients dans diverses pathologies (neuropathie, cardiopathie, oncologie…).

InnovaSEQ se positionne comme une pierre angulaire entre la recherche fondamentale, la recherche clinique, les continuums précliniques/cliniques et les transferts de technologies public-privé.

C’est dans ce contexte que nous souhaitons recruter un(e) apprenti(e) en bioinformatique.

Le projet qui vous sera confié vise à proposer une solution complète et conviviale pour l'analyse de données scRNA-seq incluant le développement d’une interface intégrée. L’objectif est d’offrir des fonctionnalités avancées, tout en mettant l'accent sur la convivialité et la flexibilité afin de répondre aux besoins spécifiques des chercheurs en génomique fonctionnelle.