Mots-Clés

gestion de données, entrepôt, ontologie, PGD, fermentation

Description

Votre mission, les objectifs qui vous seront fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Grand Défi Ferments du Futur, dont la durée prévisionnelle est de 10 ans, un programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030 (https://www.fermentsdufutur.eu). Co-piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros, ce consortium public-privé de 42 partenaires réunit des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés.

Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché(e)administrativement à l’unité de recherche MaIAGE dans laquelle vous exercerez vos missions au sein de la plateforme bioinformatique Migale. Migale opère l’infrastructure informatique du projet Ferments du Futur et coordonne le développement informatique de l’entrepôt de données visant à rassembler toutes les informations sur les micro-organismes et les consortia microbiens pouvant intervenir dans la fermentation des aliments. Ces données sont de nature variée --- omiques, phénotypiques, capacités métaboliques, etc. --- et alimenteront les approches prédictives développées dans le projet pour la conception de nouveaux aliments fermentés. Cet entrepôt de données sera accompagné d’une interface conviviale permettant une intégration simple des données, une exploration fine des données par les biologistes et un requêtage efficace pour les algorithmes d’apprentissage.

Sous la responsabilité scientifique du responsable opérationnel de la plateforme Migale, vous serez principalement en charge de la gestion des données produites dans le projet. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les deux développeurs de l’entrepôt et avec l’ingénieur-e en bioinformatique en charge de développer des pipelines pour la production de données secondaires. Vous aurez en charge de définir les processus  d’alimentation et de curation des données de l’entrepôt.

Vos principales activités seront : 

• Participer à l’élaboration et piloter la stratégie de gestion des données de l’entrepôt.

• Évaluer, comparer et choisir, éventuellement faire évoluer les ontologies métiers nécessaires à la description des données produites dans les projets Ferments du Futur.

• Accompagner les porteurs de projets financés par le Grand Défi dans la gestion de leurs données et la mise en place de leur Plan de Gestion de Données.

• Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles concernant l’alimentation de l’entrepôt.

• Organiser le suivi de la qualité des données dans l’entrepôt.

• Participer à la conception et à la conduite des actions de formation.

Vous serez amené-e à interagir régulièrement avec les groupes de travail autour des données quicentralisent les besoins en termes de gestion des données produites et traitées dans Ferments du Futur. Vous interagirez également avec les autres personnels Ferments du Futur au sein des unités de la plateforme distribuée et du centre d’innovation Ferments du Futur, sous la coordination du directeur des opérations et technologies Ferments du Futur.

Vous consacrerez environ 20% de votre temps sur des activités de la plateforme Migale en lien avec vos compétences et affinités, afin de garantir une bonne articulation entre vos activités Ferments du Futur et votre équipe d’accueil. À ce titre, vous serez intégré dans le CATI BOOM et serez encouragé-e à participer aux réseaux métiers nationaux.