Mots-Clés

genetic resources data management python

Description

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’ingénieur.e sera recruté.e au sein de l’UMR Génétique Quantitative Evolution-Le Moulon (http://moulon.inra.fr). Elle est l’une des unités constitutives de l’IDEEV (Institut Diversité Ecologie et Evolution du Vivant) un institut de recherche dans les domaines de l’écologie et de l’évolution. L’unité couvre une large gamme d’organismes et travaille entre autres sur 2 espèces d’intérêt agronomique le maïs et le blé.  La personne recrutée sera accueillie dans l’équipe BiOSS (Bioinformatics, Open Science & Systems) composée de 5 ingénieurs permanents, dédiée au développement du système d’information et à l’administration de l’infrastructure informatique. L’équipe développe plusieurs applications logicielles en collaboration avec les équipes de l’UMR et leurs partenaires:

• SHiNeMaS, une base de données et son interface web (PostGreSQL, Python/Django) qui gère la traçabilité des lots de semences et les données relatives aux pratiques culturales, aux environnements et les phénotypes des plantes dans le cadre d’expérimentations au champ.

• ThaliaDB, une base de données et son interface web (PostGreSQL, Python/Django) qui gère des informations de marqueurs, de génotypage et de phénotypage (données moyennées) de plantes pour des besoins d’analyse de diversité, de génétique d’association (GWAS) et de sélection génomique.

• DiverCILand, une base de données et son interface web (PostGreSQL, Python/Django) qui gère la description et le cycle de vie de ressources génétiques de blé à l’échelle européenne ainsi que la caractérisation génotypique de leur résistance à certaines maladies (rouille du blé) dans le cadre d’un projet visant à monitorer l’évolution des épidémies de rouille en Europe.

• BioMercator, un logiciel (Java) permettant une démarche complète d’identification de régions candidates de gènes par des méthodes de meta-analyse de QTLs ou de GWAS.

• OptiMAS, un logiciel d’aide à la décision dans des programmes de sélection assistée par marqueurs.

La personne recrutée sera encadrée par le responsable de l’équipe BiOSS et assurera les évolutions fonctionnelles et la maintenance corrective des outils de gestion des données DiverCILand, SHiNeMaS et Thaliadb. En collaboration avec les équipes de recherche associées, l’ingénieur.e développera les fonctionnalités liées à la visualisation et la gestion des données produites dans l’UMR. Ces développements sont réalisés en phase avec le plan national pour la science ouverte, aussi l’ingénieur.e devra rendre les systèmes d’informations plus ouverts et apporter des améliorations en termes d’interopérabilité (WebServices) en utilisant les standards établis.

L’ingénieur.e recruté.e rédigera les documentations techniques et fonctionnelles, et mettra en œuvre le plan d’assurance qualité (implémentation des tests) établi dans l’équipe. Cette personne sera également amenée à assurer le support fonctionnel auprès de la communauté d’utilisateurs.

Formations et compétences recherchées 

Niveau : Master/Ingénieur Bac+5

Formation recommandée : Master en informatique ou bio-informatique avec une forte appétence pour le développement logiciel.

Compétences recherchées :

• Maîtriser le langage de programmation Python et le framework Django

• Maîtriser les outils de développements (Eclipse, GitLab etc.)

• Maîtriser le système de gestion de base de données relationnels PostgreSQL

• Connaissance du framework DjangoREST appréciée.

• Connaissance appréciée des langages de documentation balisés (MarkDown, reSructuredText)

Expérience appréciée :

• Développement d’applications web

• Reprise de code informatique existant

• Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, génétique ou agronomie

Aptitudes recherchées :

• Capacité à travailler en équipe, y compris à distance

• Curiosité pour la donnée scientifique

• Sens de l’écoute, bon relationnel

• Bonne gestion de son temps

• Rigueur

La durée initiale du contrat est de 6 mois, renouvelable pour 18 mois supplémentaires minimum.