Mots-Clés

développement web bioinformatique système d'informations

Description

Présentation d’INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’INRA et IRSTEA, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’Institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Cette offre s’inscrit dans le cadre du projet ANR HoloOligo dont un des objectifs est de mettre en place un système d’information agrégeant des informations sur les oligosaccharides du lait chez les mammifères. Ces informations seront extraites de la littérature scientifique à l’aide des technologies de fouille de textes afin de donner aux acteurs de la recherche des moyens de visualisation et d’analyse de la diversité des structures des oligosaccharides.

Vous serez recruté·e dans l’unité de recherche MaIAGE dans laquelle vous exercerez vos activités au sein de la plateforme bioinformatique Migale. Vous étendrez une application existante, Omnicrobe, développée dans l’unité et comprenant une base de données contenant des informations complètes sur les habitats, les phénotypes et les usages des microorganismes, afin de l’adapter aux besoins d’HoloOligo.

Sous la responsabilité scientifique du responsable opérationnel de la plateforme Migale, vous serez encadré·e par les ingénieurs (bio-)informaticiens qui participent à la fois au projet HoloOligo et au développement d’Omnicrobe. L’application Omnicrobe est composée d’une base de données relationnelles et d’interfaces (graphique et de programmation). Vous travaillerez principalement sur l’extension des interfaces dans le but de répondre aux besoins des utilisateurs et permettre l’intégration, la visualisation et l’analyse des informations structurées (relatives aux oligosaccharides de lait de mammifères, aux échantillons utilisées pour la collecte, aux espèces concernés, aux stades de lactation, etc.) qui seront extraites par la fouille de textes dans le cadre du projet.

Vos principales activités seront de :

• participer au recueil des besoins auprès des utilisateurs, à la formalisation des besoins exprimés, à la recherche et au choix des technologies appropriées pour répondre aux besoins en tenant compte de l’existant,
• développer les évolutions concernant les interfaces d’Omnicrobe et les fonctionnalités issues des besoins formalisés,
• rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master en informatique ou bio-informatique avec une forte appétence pour le développement web frontal.

Compétences recherchées :

• Maîtrise des langages de programmation pour le développement d'applications web, ainsi que les technologies associées (Python, JavaScript, HTML5, AJAX)
• Une expérience avec les environnements (venv), bibliothèques Python (Flask, Flask-RESTX, ...) et  bibliothèques JavaScript, JQuery, Bootstrap
• Une familiarité avec les environnements Git/GitLab serait un atout précieux

Expérience appréciée :

• Développement d’applications web
• Reprise de code informatique existant
• Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, microbiologie ou génomique

Aptitudes recherchées :

• Capacité à travailler en équipe, y compris à distance
• Curiosité pour la donnée scientifique
• Sens de l’écoute, bon relationnel
• Bonne gestion de son temps
• Rigueur

Modalités d’accueil

• Unité de rattachement (lieu d’exercice) : UR1404 MaIAGE (Mathématiques et Informatique Appliquées, du Génome à l’Environnement), Centre INRAE, Domaine de Vilvert, bât 233, 78350 Jouy-en-Josas
• Autre lieu d’exercice possible : UMR MISTEA (Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie), Montpellier SupAgro, 2 Place Pierre Viala, 34060 Montpellier
• Date d’entrée en fonction :  1er novembre ou 1er décembre 2024
• Durée du recrutement : 10 mois
• Rémunération : à partir de 2226€ brut mensuel (selon expérience)
• Catégorie : A
• Corps : IE
• Métier : « Développeur·euse » (emploi-type E2C45)

Modalités pour postuler

• Envoyer un CV détaillé et une lettre de motivation par mail à :
  • Mouhamadou Ba (mouhamadou.ba@inrae.fr)
  • Sandra Dérozier (sandra.derozier@inrae.fr)
  • Valentin Loux (valentin.loux@inrae.fr)
• Date limite pour postuler : 30 septembre 2024

En savoir plus :

• Présentation d’INRAE
• Vous épanouir au sein d’INRAE
• Projet ANR HoloOligo
• Base de données Omnicrobe