Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

hématologie, RNAseq, exome, NGS, ctDNA, lymphome, leucémie, myélome

Description

Poste proposé : Ingénieur bioinformatique, service d’Hématologie Biologique, CHU de Nantes

CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DES SERVICES/LABORATOIRES

Le service d'hématologie biologie du site de l’Hôtel Dieu du CHU de Nantes est composé de 5 unités : cytologie, hémostase, cytométrie, cytogénétique, et hématologie moléculaire.

L’unité d’hématologie moléculaire du CHU de Nantes joue un rôle central dans la prise en charge des patients souffrant d'hémopathies malignes, collaborant étroitement avec les services cliniques d'hématologie, de médecine interne, d’oncopédiatrie et de dermatologie du CHU de Nantes, de centres hospitaliers généraux et de cliniques de la région Pays de la Loire et du Sud Bretagne. Grâce aux avancées technologiques majeures de ces 10 dernières années, notamment le séquençage à haut débit, l’activité s’est étendue en termes de types d’analyses et d’indications des examens avec également des rendus de résultats toujours plus rapides adaptés à l’urgence thérapeutique. L’activité de l’unité d’hématologie moléculaire représente environ 8000 examens dont 1700 NGS ciblés /an. Les perspectives futures incluent l'intégration de nouvelles technologies pour améliorer la prise en charge de patients dans le cadre du soin et soutenir la recherche clinique, en partenariat avec les équipes cliniques et de recherche locales, les groupes académiques français régionaux ou nationaux tels que le LYSA et le CALYM. Les techniques concernées par nos développements sont dès à présent ou à court terme l'analyse du transcriptome, le diagnostic et le suivi à partir de biopsie liquide (ADN tumoral circulant, cellules tumorales circulantes) et à plus moyen ou long terme les approches de type génome entier ou l'analyse du méthylome. Pour renforcer ses capacités bioinformatiques, l'unité vise à développer des solutions internes intégrées aux réseaux de bioinformaticiens, tant locaux que nationaux, comme BioinfoDiag et CALYM via FrenchConnect (ctDNA Lymphome).

DÉFINITION GÉNÉRALE DU POSTE 

Le pôle de biologie du CHU de Nantes a comme ambition de structurer une plateforme bioinformatique constituée d’une équipe multidisciplinaire pour faire face aux nouveaux défis de la biologie. Dans cette optique, un poste d’ingénieur bioinformatique affilié à l’unité d’hématologie moléculaire du service d’hématologie biologique du CHU de Nantes est proposé. Il s’adresse à un bioinformaticien expérimenté dans le domaine de la génomique et/ou de la transcriptomique. Une collaboration étroite est ainsi attendue avec une seconde ingénieure bioinformaticienne rattachée au service de génétique médicale.

Le ou la candidate sera donc intégré.e à l’équipe d’hématologie moléculaire encadrée par les biologistes de l’unité, Dr Yannick LE BRIS (responsable) et Dr Simon BOUZY, une ingénieure hospitalière et sept techniciennes de laboratoire.

Principales missions :

• Développement et mise en place d’outils d’étude du transcriptome adaptés aux hémopathies malignes (leucémies aiguës, lymphomes, myélome autres hémopathies) : identification de transcrits de fusion, anomalies d’expression, dérégulation épigénétique à visée diagnostique, pronostique et théranostique. Des essais de plusieurs algorithmes et la création d’un pipeline en adéquation avec les exigences de la norme ISO15189 est attendue avec une sortie annotée et interprétable par les biologistes.

• Participer à l’évolution des outils de séquençage ciblés de l’ADN tumoral actuellement en place en collaboration avec nos partenaires académiques tels que Vidjil® et le réseau FrenchConnect (ctDNA).

• Participer à l’amélioration des processus NGS du laboratoire comme la gestion de l’identitovigilance, du flux de données avec notamment l’automatisation des connexions avec le système informatique du laboratoire (SIL), du maintien et de l’évolutivité des pipelines d’analyses bio-informatique, des bases de données NGS ou de l’optimisation du stockage des données NGS.

• Participer à la démarche d’accréditation ISO 15189 des examens biologiques, assurer la maîtrise des pipelines d’analyse et leur traçabilité.

Autres activités selon le profil du candidat :

1. Génétique tumorale

Participer aux projets de recherche et de développement de l’unité d’hématologie moléculaire tels que la valorisation des données, l’analyse de données de cohortes et le développement d’approche innovantes (analyse de variants de phase, détection de translocations, d’évènements complexes, suivi de maladie résiduelle…) en lien avec les groupes académiques partenaires LYSA, CALYM, GBMHM et les autres partenaires, le service d’Hématologie Clinique du CHU de Nantes et l’unité de recherche INSERM du CRCI2NA.

2. Missions communes

• Participer le cas échéant à la structuration de l’équipe de bioinformatique, le développement et la gestion de projets ou problématiques communes au pôle (interfaces d’accès aux données, accréditations des pipelines bio-informatiques) et le cas échéant d’outils bioinformatiques communs pouvant être mis à la disposition de l’ensemble des utilisateurs (ingénieurs bioinformatiques, ingénieurs, biologistes)

• Soutien à l’administration du serveur linux mis en place pour ce projet en partenariat avec l’ingénieure bioinformatique déjà présente sur le pôle et avec la direction des services numériques.

DIPLÔME ET COMPÉTENCES

• Diplôme :

Titulaire d’un diplôme en bioinformatique, de niveau ingénieur, Master 2 ou d’un PhD.

• Compétences requises :
  • Expérience minimum 2 ans
  • Expérience en génomique et/ou transcriptomique
  • Maîtrise des langages de programmation courants en génomique et transcriptomique (a minima bash, python, R …)
  • Maîtrise de logiciels requis pour l’analyse de données en (épi)génomique (ex : DESeq2, TopHat, STAR, samtools, bedtools, …)
  • Maîtrise des outils conda, singularity (et ou docker)
  • Maîtrise d’un gestionnaire de workflow (Snakemake/Nextflow)
  • Connaissance d'outils pour la gestion de codes (git)
  • Utilisation d’infrastructures et de clusters de calculs pour l’analyse des données

• Expériences et compétences appréciées :
  • Connaissance des principaux outils utilisés en transcriptomique
  • Connaissance en onco-hématologie
  • Connaissance du répertoire VDJ des gènes du TCR et des Ig
  • Expérience dans un laboratoire avec une activité diagnostique
  • Expérience en systèmes de gestion de bases de données et interfaces web
  • Utilisation d’infrastructures et de clusters de calculs pour l’analyse des données

• Savoir-faire :
  • Expérience en systèmes de gestion de bases de données et interfaces web
  • Connaissances portant sur les entrepôts de données, le stockage (court, moyen et long terme) et le dépôt de données
  • Maîtriser l’anglais scientifique à l’oral et à l’écrit. Les candidats seront capables, en anglais, de s'exprimer, de suivre une présentation scientifique ou une réunion de laboratoire, de lire des publications et d’aider à la rédaction de travaux de recherche.
  • Travailler en équipe et être force de proposition.
  • Dialoguer avec les différents biologistes sur leurs besoins

CONDITIONS DE TRAVAIL

Poste d’ingénieur CDI

Le poste est ouvert et à pourvoir aussi rapidement que possible

Candidatures à adresser au Dr Yannick Le Bris : yannick.lebris@chu-nantes.fr