Mots-Clés

métagénomique microbiome bases de données logiciels pipelines

Description

Contexte

Le projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+) finance l’équipement de l’ensemble du réseau national de ressources computationnelles (NNCR) de l’IFB, et des développements innovants pour faciliter la gestion des données, et l’appui aux communautés des sciences du vivant (microbiologie, santé, agronomie, environnement). Ce projet est piloté par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) qui est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601).

Dans ce contexte, nous recherchons un.e ingénieur.e bioinformaticien.ne pour l’analyse des microbiomes qui participera activement au groupe de travail IS4-MUDIS4LS (Implementation Study 4 : FAIR integration and sharing of new data deluge in microbiome research). La contribution de l’ingénieur.e sera fondamentale, en particulier dans le déploiement d’un catalogue exhaustif des outils, pipelines et bases de données essentiels au traitement et à l’analyse des données  métagénomiques d’écosystèmes microbiens. La personne sera recrutée au sein du Laboratoire d’Analyse Bioinformatiques pour la Génomique et Métabolisme (plateforme MicroScope, membre de l’IFB) et travaillera en étroite collaboration avec l’équipe InfoBioStat de l’unité MetaGenoPolis (INRAE). Ces deux équipes animent également les actions transversales d’autres projets portés par l’IFB (MUDIS4LS, ABROmics, Cloud4SAMS notamment) dans l’objectif de mutualiser les  efforts en génomique microbienne.

Missions

• Inventorier, développer et déployer des outils, workflows et bases de données dans le catalogue de ressources IFB pour le traitement de données métagénomiques microbiennes
• Identifier les cas d’usage d’applications spécifiques et participer à leur déploiement sur les ressources de calcul HPC/AI du projet 

Activités

• Contribuer à l’état de l'art des bases de données, méthodes, et outils nécessaires ou indispensables au traitement et à l’analyse des données métagénomiques d’écosystèmes microbiens (principalement humain).
• Assurer une veille scientifique et technologique sur l’évolution des concepts et des méthodes du domaine
• Mettre en œuvre des benchmarks des outils et bases de données
• Contribuer à l’élaboration d’un catalogue des outils et bases de données d’intérêt pour le domaine
• Contribuer le cas échéant au développement de ressources complémentaires (workflows, outils, bases de données…)
• Participer à l’installation des outils sur les infrastructures de calcul IFB et à la rédaction de tutoriels
• Contribuer à l’animation du groupe de travail « catalogue de ressources bioinformatiques » de la communauté microbiologie de l’IFB, et participer à des réunions et la rédaction de rapports et documentations techniques.

Compétences attendues

• Diplômé(e) (Bac+5) en bioinformatique ou informatique.
• Connaissances générales en microbiologie, génomique et métagénomique.
• Maîtrise générale des outils logiciels standards et formats de données en génomique.
• Maîtrise de l’environnement Linux, des langages (shell, python, R) et de l’utilisation de clusters de calcul.
• Connaissance des gestionnaires de workflow courants en bioinformatique (nextflow, snakemake).
• Compréhension de l'anglais oral et écrit : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues).
• Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
• Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
• Sens de l'organisation.
• Esprit d'équipe et sens de la collaboration.
• Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes (messagerie instantanée, visioconférence).

La personne recrutée sera formée à son arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique. Elle s'intégrera dans son équipe d'accueil (LABGeM, Genoscope, Evry, 91), et participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.