1 (BIO)-INFORMATICIEN (H/F)

C.D.I.

CCN 99 – Groupe I (Cadre 1)

Le Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer recherche du Centre de lutte contre le cancer François Baclesse une ou un (bio)informatien(ne). Il réalise une importante activité diagnostique en oncogénétique (génétique des prédispositions héréditaires aux cancers) et en génétique des tumeurs en s’appuyant sur des techniques de séquençage à haut-débit (NGS). Il est également impliqué dans des projets de recherche dans le domaine de la génétique du Cancer dans le cadre de l’unité INSERM U1245 (oncogénétique et génétique des tumeurs). Il abrite la plateforme de séquençage à haut-débit SéSAME. Le laboratoire a des projets propres de développement et transfert vers d’autres laboratoires hospitaliers académiques d’outils informatiques destinés à l’analyse en diagnostic des données issues du NGS.

Description du poste :

Pleinement intégré à l’équipe du laboratoire, en collaboration avec les bioinformaticiens et biologistes du laboratoire ainsi que ceux de l’unité INSERM U1245, et, en lien avec les informaticiens du centre, la personne recrutée :

• Participe à la conception et au développement de nouvelles applications. Elle réalise l’écriture du code en respect avec les bonnes pratiques de développement, rédige la documentation technique nécessaire pour la pérennité de la maintenance en respectant les standards mis en place, elle conçoit des scénarios tests. Le développement de bases de données, API et interface de consultation et manipulation des données (web) est au cœur du travail.
• Assure la maintenance et l’évolution des applications existantes et notamment le gestionnaire de pipeline (relecture, modification, tests et documentation du code)
• Participe à la conception au développement et à l’optimisation d’architectures informatiques dédiées au laboratoire pour les calculs, le stockage et l’archivage des données de génétique.
• Assure le paramétrage et la maintenance des SGL de biologie clinique et de génétique
• Participe à la démarche qualité (norme ISO 15189, COFRAC)

Profil recherché :

• Bioinformaticien (niveau master voire PhD en fonction du profil),
• Une expérience dans le domaine de la génomique est souhaitée,
• Maitrise des commandes systèmes Linux,
• Connaissance avancée des SGBD dans la gestion de grands volumes (PostgreSQL est un plus),
• Connaissance du langage de scripting (Bash et Python),
• Expérience dans l’utilisation snakemake, d’environnements virtualisés (docker, singularity),
• Expérience dans l’utilisation de gestionnaire de sources et dans les logiques d'intégration continue (GitLab),
• Esprit de synthèse, capacité d’écoute et d’analyse, sens du service,
• Capacité à travailler en équipe et bonnes capacités relationnelles.

Poste à pourvoir dès que possible

« Conformément à l’accord n° 2013-05 seront examinées en priorité les candidatures des salariés en CDI souhaitant une mobilité professionnelle, puis celles des CDD présents dans l’établissement, et enfin les éventuelles candidatures externes »