Mots-Clés

épigénétique,

Description

Les maladies rares (MR) touchent plus de 4 % de la population des pays occidentaux, et la moitié d'entre elles affectent les enfants de moins de 5 ans. Seule une personne sur deux est diagnostiquée, après une errance diagnostique de 5 ans en moyenne. Les maladies rares englobent plus de 5 500 pathologies qui, ensemble, concernent plus de 300 millions de personnes dans le monde. Environ 80 % des RD sont des maladies génétiques et plus de 220 000 patients atteints de RD en France n'ont pas de diagnostic confirmé (données de la Banque Nationale Maladies Rares/BNDMR, septembre 2020).

Les informations épigénomiques ne sont pas ou très rarement explorées en clinique pour l'instant. La génétique et l'épigénétique sont étroitement liées et cette dernière doit être pris en compte dans le diagnostic dans le cas des maladies rares complexes. Récemment, des études visant à mieux décrire le méthylome de l'ADN ont attiré l'attention sur ce point, mais elles sont encore incomplètes. Une caractérisation complète de l'épigénome de chaque MR permettra d'identifier de nouveaux défauts moléculaires pathologiques et d'alimenter le répertoire des signatures moléculaires utiles au diagnostic. De plus, ces informations épigénétiques permettront d'identifier de nouvelles voies moléculaires pathologiques qui pourraient constituer de nouvelles pistes thérapeutiques. Au cours des cinq dernières années, un nombre croissant d'équipes dans le monde ont tenté d'identifier des signatures épigénétiques. L’initiative européenne, encore faible, dans le domaine est nécessaire pour accroître la connaissance de l'épisignature, renforcer la robustesse de cette analyse et encourager l'utilisation de ces données en clinique en les rendant réutilisables (principes FAIR data).

Les principales questions que nous souhaitons aborder sont les suivantes : L'identification épigénétique est-elle un outil puissant pour le diagnostic et la classification des patients ? Comment pouvons-nous développer de nouvelles signatures en renforçant la robustesse et la fiabilité des outils actuellement disponibles ou en cours de développement ?

Objectifs

La marque épigénétique la plus étudiée depuis longtemps est la méthylation de l'ADN. Notre projet vise à explorer les altérations de la méthylation de l'ADN dans des contextes pathologiques et ainsi identifier des signatures épigénétiques. Plus spécifiquement, ce stage vise à exploiter les données de méthylation de l'ADN déjà obtenues par l'analyse des puces EPIC, l'approche technologique la plus utilisée dans le domaine clinique, pour obtenir des signatures robustes pouvant être utilisées dans le diagnostic.

Le projet implique une collaboration franco-belge : les équipes françaises et belges mettront en commun leurs expertises complémentaires et partageront leurs données pour répondre à cette question en augmentant la puissance statistique des signatures épigénétiques identifiées.