Mots-Clés

Bioinformatics Single Cell PostDoc Bordeaux Obesity Diabetes Inserm Neurosciences Machine learning Python R

Description

Un poste d'ingénieur de recherche (IR) est ouvert au sein de l’équipe “Physiopathologie de l'équilibre énergétique et obésité” (Neurocentre Magendie) en collaboration avec l’équipe “Biologie Computationnelle et Bioinformatique” (IBGC). Le poste consiste à étudier différentes données omiques, principalement sur des cellules neuronales uniques, dans le cadre d’un projet de recherche financé par la communauté européenne (ERC Consolidator Grant). Ce projet vise à explorer la plasticité des cellules neuronales dans des modèles murins d'obésité et de maladies métaboliques, en utilisant également les atlas neuronales à cellule unique disponibles du cerveau humain.

L’ingénieur travaillera en collaboration avec une post-doctorante et un autre ingénieur et profitera de la présence de bioinformaticiens experts dans la conception et le développement de pipelines d’analyses de données biologiques. Il / elle devra prendre en main certains pipelines déjà conçus, les adapter aux évolutions à venir et produire des rapports de résultats en tenant compte des demandes des porteurs de projets. Il devra être à même d'améliorer les pipelines existants pour y introduire de nouvelles méthodes issues de la littérature.

Par ailleurs, plusieurs projets concernant l’analyse de données hétérogènes sont actuellement en cours dans l’équipe (single cell ou non). Ainsi, outre l’analyse de données single cell elle-même, l’ingénieur développera également des méthodes d'intégration de données et les appliquera aux jeux de données disponibles dans l’équipe.

Activités

L’ingénieur de recherche recruté(e) développera les pipelines d'analyse et d'intégration de données en étroite collaboration avec les chercheurs biologistes. Il / elle devra :

• Concevoir des développements technologiques mutualisés et innovants, en relation avec les projets des partenaires biologistes

• Conduire les projets d’analyses de données et de développement de pipelines bioinformatiques

• Assurer et organiser la veille scientifique et technologique en ce qui concerne l’analyse de données single cell et l'intégration de données omiques

• Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales

 Compétences

Nous recherchons une personne très motivée, passionnée par le développement de la science par la technologie, ayant un goût prononcé pour le travail en équipe et d'excellentes aptitudes à la communication. Le candidat retenu devra posséder les compétences ou l'expérience suivantes.

Compétences requises :

1.Maîtrise de la programmation en R et/ou Python.

2.Maîtrise de logiciels requis pour l’analyse de données génomiques et transcriptomiques (STAR, DeSeq2, CellRanger).

3.Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.

4.Compréhension pratique des méthodes d’analyse de données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, apprentissage statistique, etc.).

5.Expérience des données « single-cell » souhaitée mais pas obligatoire (Seurat ou Scanpy).

6.Compétences en analyses d’autres types de données omiques serait un plus (ex. protéomiques, métabolomiques).

7.Connaissance pratique des outils de conteneurisation (Docker, Singularity),
gestionnaires de version (Git) et gestionnaires de workflow (Snakemake) souhaitée.

8.Bases solides en biologie ; connaissances en biologie cellulaire et moléculaire ou neurosciences seraient un plus.

Profil recherché :

• Doctorat ou diplôme d’ingénieur en bioinformatique, biostatistiques ou biologie.

• Expérience en bioinformatique appliquée aux données génomiques ou transcriptomiques, idéalement à l’échelle single-cell.

• Compréhension des principales analyses de données de séquençage en cellule unique.

• Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.

• Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions
  biologiques.

• Habitude du travail en équipe, capacités d'écoute et de proposition. Autonomie.

• Intérêt pour les aspects méthodologiques de l'analyse de données.

Contexte des travaux
 

L’ingénieur de recherche travaillera au sein des équipes “Physiopathologie de l'équilibre énergétique et obésité” (Neurocentre Magendie) et “Biologie computationnelle et bioinformatique” (IBGC UMR CNRS 5095, Bordeaux), sous la supervision de Carmelo Quarta et Macha Nikolski. Une forte collaboration est attendue avec les équipes productrices de données.

Référence de contact pour plus d'informations :

carmelo.quarta@inserm.fr

macha.nikolski@u-bordeaux.fr