Mots-Clés

Single cell procaryote transcriptomique plateforme de séquençage

Description

Le programme BacDrop est un programme transverse majeur de l'I2BC qui appartient à l'axe stratégique « Interactions hôte-microbe ». Le programme regroupe deux équipes de recherche et une plateforme technologique autour de la thématique de l’analyse en cellule unique de populations bactériennes. L’écrasante majorité des protocoles en cellule unique disponibles étant adaptés aux cellules eucaryotes, notre objectif est d’installer à l’I2BC une nouvelle expertise dans ce domaine original. L’approche méthodologique est basée sur des protocoles publiés. Pour la partie bioinformatique, elle aura pour but de mettre en place les méthodes d’analyse appropriées à ces données et de réaliser et présenter les analyses du projet.

Les missions seront organisées autour de deux axes :
• Dans le cadre du programme BacDrop : ce projet transverse de l’I2BC a pour objectif de comparer des résultats de différents protocoles afin de mettre en place des outils d'analyse OMICS de transcriptomique en cellule unique de populations bactériennes. L’ingénieur.e travaillera sur la mise en place d’outils et/ou l’adaptation de pipelines aux données procaryotes, analysera les données du projet (R, Seurat) et présentera les résultats qui en seront issus.

o Réaliser la veille technologique et la comparaison des méthodes et outils d’analyse dis-ponibles
o Mettre en place, documenter, tester et appliquer un pipeline d’analyse de données de transcriptomique en cellule unique adapté aux populations bactériennes
o Participer aux réunions d’avancée du projet avec les équipes collaboratrices
o Valoriser les résultats du projet, notamment au cours de réunions et conférences scienti-fiques

• Dans le cadre des activités de service de la plateforme : l’ingénieur.e partagera son temps entre le projet BacDrop et des activités de type plateforme telles que la la mise en place de projets, le traitement primaire des runs et l’analyse bioinformatique des données issues de prestations.

o Traiter et analyser des données de séquençage à haut débit dans le cadre de la partie bioinformatique des prestations de la plateforme (étude de faisabilité, traitement, par-tage compte-rendu des résultats, stockage, suivi post-prestation)
o Participer aux réunions impliquant la plateforme (réunions d’équipe hebdomadaires, réu-nions ponctuelles de mise en place des projets avec les utilisateurs ...)
o Intégrer son activité dans le système Qualité de la plateforme
Selon l’avancement du projet BacDrop et de l’activité de séquençage de la plateforme l’ingénieur.e pourra participer à d’autres projets menés par la plateforme.

Contexte de travail:

L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay créée de-puis le 1er janvier 2015. L'unité a un effectif moyen de près de 650 personnes réparties entre 5 dépar-tements scientifiques, 60 équipes de recherche, 16 plateformes technologiques de haut niveau et 11 services support et soutien.

La plateforme de séquençage à haut débit de l’I2BC
Depuis sa création en 2010, la plateforme de séquençage à haut débit de l’Institut de Biologie Intégra-tive de la Cellule a pour mission d’offrir à l’ensemble de la communauté scientifique des activités de ser-vice et de soutien à la recherche dans le domaine du séquençage à haut débit et de ses applications.
Basée sur le campus CNRS de Gif-sur-Yvette, au sein de la communauté scientifique de Paris-Saclay, la plateforme réalise environ 160 projets/an depuis leur conception en collaboration avec les utilisateurs jusqu’à leur analyse bioinformatique et le rendu des résultats. La plateforme est certifiée ISO9001 et NFX50-900, et labellisée IBiSA depuis 2015. Elle est totalement ouverte aux communautés acadé-miques et industrielles et réalise une grande variété de projets basés sur les technologies Illumina, Oxford Nanopore (ONT) ou 10X Genomics. En parallèle de son activité de service, elle fait partie de grands projets de recherche technologique, dont un PEPR dans le domaine de la « Biothérapies et Bioproduc-tion de Thérapies Innovantes », et un projet transverse en épitranscriptomique par séquençage d'ARN direct ONT.