Bioinformaticien.ne pour l’analyse de données omiques multi espèces

 CDD · IE  · 24 mois    Bac+5 / Master   INRAE · CASTANET-TOLOSAN (France)  à partir de 2240 € brut /mois selon expérience

 Date de prise de poste : 1 octobre 2024

Mots-Clés

bioinformatique épigénétique transcriptomique génomique pipeline intégration

Description

Vous rejoindrez l’équipe GENESIS (Mécanismes génétiques et épigénétiques de la genèse des phénotypes) du laboratoire GenPhySE d'INRAE (UMR 1388), qui a pour thématique majeure la caractérisation des causes moléculaires de la variabilité des caractères chez les animaux domestiques. L'équipe est constituée de 8 chercheurs et 6 ingénieurs et techniciens, et accueille des stagiaires, doctorants et post-doctorants (4 thèses et 2 post-docs en cours).

Dans un premier temps vous contribuerez au projet Européen GEroNIMO (H2020, https://www.geronimo-h2020.eu/), ayant notamment pour but d’intégrer l’information épigénétique aux schémas de sélection chez les monogastriques (porcs et volaille), dans le cadre de l’évolution des systèmes d’élevage vers un modèle plus durable. Pour ce projet vous réaliserez un benchmarking d’outils existants pour analyser les données épigénomiques issues de séquençage RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing) produites sur porc, poule et caille, avec l’objectif d’en extraire les informations de taux de méthylation et de variants génétiques. Ce travail aboutira au développement d’un pipeline d’analyse permettant l’obtention d’information génétique et épigénétique de haute qualité à partir de séquençage RRBS. Ce pipeline d’analyse sera, à terme, utilisé par tous les membres du projet GEroNIMO et des points réguliers seront réalisés avec le groupe de travail international chargé de cette tâche dans le consortium.
Dans un second temps vous joindrez le projet FeedSeq, visant à caractériser les mécanismes biologiques en lien avec l'efficacité alimentaire. Ce caractère est particulièrement d'intérêt dans le contexte actuel d'évolution de la production animale vers des pratiques plus durables puisqu’il permettrait à terme de limiter la production de ressources nécessaires à l’alimentation animale et les déchets qu’ils produisent. Dans ce cadre vous contribuerez à l’analyse de données omiques multiples : génomiques, épigénomiques et transcriptomiques obtenues dans l’espèce porcine. Puis, en lien avec les chercheurs du projet vous contribuerez à leur intégration au sein de l’espèce porcine puis au travers d’autres espèces afin d’affiner et décortiquer les mécanismes moléculaires impliqués dans la variabilité de ce caractère agronomique important dans différentes espèces. 

Formation recommandée : niveau Master 2 en bioinformatique
Aptitudes recherchées :
- Connaissance des outils de gestion de workflow (nextflow)
- Connaissance des outils de versionning (github)
- Connaissance des données omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique)
- Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques
- Capacité à communiquer en anglais dans le cadre d’un groupe de travail
- Rigueur, autonomie, organisation, goût pour le travail en équipe
- Intérêt pour le développement de pipelines d’analyse
- Intérêt pour l’épigénétique, la génétique et l’intégration des données

Candidature

Procédure : CV + lettre de motivation.

Date limite : 31 août 2024

Contacts

Sonia Eynard et Julie Demars

 soNOSPAMnia.eynard@inrae.fr

 https://jobs.inrae.fr/ot-22245

Offre publiée le 8 juillet 2024, affichage jusqu'au 31 août 2024