Mots-Clés

Data science du vivant biodiversité marine génomique data scientist

Description

Au sein du cas d’étude 2 du projet MUDIS4LS (Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences) dédié à la gestion des données marines, l’ingénieur.e aura en charge l’accompagnement, par la mise en place de recommandations, de Plans de Gestion de Données types et/ou de solutions logicielles, des équipes engagées dans des projets de génomique marine ou d’analyse de biodiversité impliquant des données multi-omiques.

- Animer des ateliers d’expression des besoins de la communauté marine en lien avec des projets de génomique ou d’analyse de la biodiversité marine puis rédiger la spécification des besoins en identifiant les solutions déjà existantes et en écrivant le cahier des charges de celles à développer ;
- En interaction avec les développements réalisés dans le cadre du projet MUDIS4LS et ceux promus par l’infrastructure nationale DATATERRA (pôles ODATIS/PNDB), préconiser et mettre en œuvre dans des cas d’études précis, des systèmes d'information existants ou en concevoir de nouveaux permettant de collecter, structurer, stocker, qualifier et mettre en relation les données initialement collectées, avant leur envoi vers des systèmes d'information internationaux ; 
- Coordonner la définition et garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats dans le domaine des données de génomique et de diversité marines ;
- Assurer une veille technologique concernant les solutions techniques pour gérer les grands volumes de données et suivant les principes F.A.I.R. et directives institutionnelles ;
- Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de l'analyse des données biologiques ;
- Participer à la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales ;
- Animer des réseaux professionnels d'échange de compétences ;
- Participer aux groupes de travail chargés de la gestion des données FAIR de projets connexes, au niveau national (projets PPR FUTUREOBS et AO-EMBRC et Gaïa Data, PEPR ATLAsea), et au niveau européen (projet EMO-BON, MARCOBOLO, BioOcean5D, FAIREASE).

Contexte de travail

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L’IFB déploie sur l’ensemble du territoire national des services en bioinformatique : infrastructure de calcul, logiciels et bases de données, analyse des données biologiques, gestion des données, formations.

Le projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+) finance l’équipement de l’ensemble du réseau national de ressources computationnelles (NNCR) de l’IFB, et des développements innovants pour faciliter la gestion des données, et l’appui aux communautés des sciences du vivant (microbiologie, santé, agronomie, environnement).