Description du sujet de thèse

Le projet est centré sur le rôle du microbiome sur le vieillissement cardiaque. Le/la doctorante développera des modèles en apprentissage automatique et intelligence artificielle pour évaluer l’âge cardiaque à partir d’électrocardiogrammes, l’âge épigénétique à partir de méthylation de l’ADN et l’âge métabolomique à partir de chromatographie liquide à ultra-haute performance couplée à la spectrométrie de masse haute résolution (UHPLC-HRMS).
Le/La candidat/e sera formé et travaillera au développement de modèles multimodaux linéaires et en apprentissage automatique sur les données disponibles sur plus de 12 000 patients :
• Administration des données du projet
• Développement de méthodologies de prétraitement d’électrocardiogrammes par intelligence artificielle
• Développement et implémentation d’horloges épigénétiques, et métabolomiques
• Implémentation de modèles d’intelligence artificielle pour les analyses multimodales

Il/Elle sera responsable de l’analyse des données d’électrocardiogrammes, de méthylation de l’ADN, métagénomiques et métabolomiques ainsi que la dissémination scientifique des résultats (rédaction d’articles scientifiques en Anglais, participations à des réunions et conférences internationales). Le/la candidat(e) jouera influencera le projet : design de la suite logicielle, optimisation et comparaison, définition des priorités, interprétation des résultats.

Contexte de travail

Le/la candidat-e sélectionné-e rejoindra le groupe de Marc-Emmanuel Dumas “Microbiome, Métabolome et Maladies Métaboliques” à l’U1283/UMR8199 EGENODIA (directeur : Philippe Froguel) à l’Institut Européen de Génomique du Diabète (EGID, reconnu par un label ‘Laboratoire d’Excellence’). Les objectifs de la plateforme sont d’étudier le métabolome humain pour identifier des métabolites microbiens impliqués dans le cardiométabolisme. L’institut fournit un excellent environnement intellectuel et l’infrastructure requise pour le projet de recherche, avec des plateformes de métabolomique (IMPACT-PM), de séquençage (LIGAN-PM, Équipement d’Excellence), animalerie avec études métaboliques (cages métaboliques, tapis de course, CTscan, PET scan, MRI), imagerie cellulaire (microscopie confocale, électronique), cytométrie de flux (INFLUX BD). En particulier, le/la candidat/e fera partie du groupe initié avec le dispositif « Accueil de Talents » attribué au Pr. Dumas par l’ISite Région Hauts-de-France et la Métropole Européenne de Lille et par l’IHU Precidiab. Le/la candidat/e travaillera en interaction avec des collègues au sein du groupe « Métabolome, microbiome et maladies métaboliques », de l’UMR et des collaborateurs internationaux, notamment dans le cadre du Projet de Recherche International entre Imperial, le CNRS et l’Université de Lille en Métabolisme Intégratif dirigé par le Pr. Dumas.

Contraintes et risques

Un contrat de thèse de doctorat est ouvert à l’UMR 8199 CNRS / INSERM/ Institut Pasteur de Lille, CHU Lille, Université de Lille, France au sein de l’Institut Européen de Génomique du Diabète dans le groupe “Métabolome, Microbiome et Maladies Métaboliques” supervisé par le Pr. Marc-Emmanuel Dumas, à Lille.
Ce contrat de thèse de doctorat s’inscrit dans le cadre de l’International Research Project en Métabolisme Intégratif entre le CNRS, l’Université de Lille et Imperial College London. Le/la doctorant-e collaborera avec des équipes à Imperial College London et aura l’opportunité de voyager à Imperial pour sa formation et sa recherche.