Mots-Clés

Bioinformatique intelligence artificielle calcul à haute performance (HPC) nextflow snakemake

Description

Dans le cadre du projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+), l’IFB recrute un ingénieur bioinformaticien à Villeurbanne (plateforme bioinformatique PRABI), pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer le calcul à haute performance (HPC) et l'intelligence artificielle (AI) aux données de biologie.

Missions principales :

- Assurer un rôle de conseil et d'expertise pour l’intégration logicielle des applications scientifiques en Biologie des partenaires du projet, et piloter l’analyse des besoins et l'intégration sur les ressources de calcul HPC/IA du projet (supercalculateur JeanZay GENCI & CNRS, CBPsmn).
- Animer le groupe de travail, à travers l'organisation des réunions, la rédaction des rapports, documentations techniques et fonctionnelles.

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB, www.france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 36 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L’IFB déploie sur l’ensemble du territoire national des services en bioinformatique: infrastructure de calcul, logiciels et bases de données, analyse des données biologiques, gestion des données, formations. 

Dans ce contexte, l’IFB recrute un.e ingénieur.e bioinformaticien.ne en déploiement d'applications sur des ressources haute performance (HPC) et en intelligence artificielle (IA), pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer ces technologies numériques aux données de biologie (une expérience en HPC et/ou en IA sera appréciable).

Le poste sera localisé sur la plateforme PRABI-AMSB à Villeurbanne (Métropole de Lyon).

La plateforme PRABI-AMSB propose des services bioinformatiques pour les biologistes qui ont besoin d'une assistance avec des outils spécifiques ou d'une expertise approfondie pour des projets plus importants. L'expertise disponible à PRABI-AMSB couvre les domaines suivants : données d'expression (RNA-seq), données d'interaction (ChIP-seq, Tap-tag/MS, Yeast Two Hybrid screens), métagénomique et métatranscriptomique, génomique et phylogénie comparées, assemblage et annotation de génomes et biologie des systèmes (réseaux métaboliques, d'interaction et de régulation des protéines).

La personne recrutée sera formée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique. Elle s'intégrera dans son équipe d'accueil, sur site dans les locaux du PRABI-AMSB (télétravail partiel possible), et participera aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions de travail, des formations ou des conférences.