Profil de poste

Emploi type

IR

BAP

Informatique, statistiques et calcul scientifique

Calcul scientifique

E1E45- Expert-e en calcul scientifique

Missions

L’ingénieur de recherche sera en charge de la collecte des données brutes multimodales : imagerie par résonance magnétique (IRM), électroencéphalographie à haute résolution (EEG-HR) et basse résolution (EEG-LR), puces ADN, données cliniques, dans le cadre de la recherche sur les troubles du neuro-développement.

• Collecter ces données pour les unités du service de pédopsychiatrie sur l’espace de stockage NAS mis en place au sein de l’hôpital, en améliorant les procédures de collectes déjà en place avec les différents techniciens.
• Organisation de la base de données et mise à disposition des données uniformisées pour analyses.
• Réalisation d’une interface utilisateur permettant d’accéder à l’ensemble des examens réalisés par chaque sujet de manière centralisée, ainsi que d’un outil de recherche (JavaScript, MongoDB)
• Poursuite du travail de prétraitement des données multimodales, notamment d’anonymisation des données mis en place afin d’identifier chaque sujet par un master code unique. Conservation sécurisée de la correspondance sur serveur interne.
• Suivi ponctuel des différents protocoles de recherche pour lesquels l’hôpital est centre d’inclusion, acquisition des données, formatage et livraison au PI selon les exigences de chaque projet.

Activités principales

• S’assurer de la bonne collecte des données dans chaque service selon la méthode et le logiciel spécifique
• Mettre en place et maintenir des bases de données anonymisées d’imagerie clinique et automatiser le flux de données pour une visualisation et une utilisation optimale des images IRM et des enregistrements EEG

Activités associées

• Organiser/Participer à la maintenance et à l’évolution de l’environnement informatique du laboratoire
• Participer activement à la valorisation scientifique des projets de recherche
• Participer à la vie de laboratoire

Connaissances

• Expertise avancée en gestion de données et programmation informatique (environnement UNIX, Python, Matlab, shell scripting, JavaScript)
• Développement Web (Vue.js, MongoDB, HTML/CSS)
• Connaissances en IRM cérébrales et EEG
• Maitrise de l’anglais souhaitable

Savoir-faire

• Savoir organiser une base de données
• Savoir manipuler des images IRM et des enregistrements EEG-HR et EEG-LR
• Savoir adapter et développer des pipelines de traitements et d’analyses de données en vue de leur utilisation pour la population pédiatrique
• Savoir faire le lien vers des utilisateurs non-experts
• Savoir gérer les priorités et les contraintes
• Savoir interagir avec des personnes de multiples expertises (cliniciens, chercheurs, informaticiens)

Aptitudes

• Aptitudes organisationnelles
• Autonomie Dynamisme Rigueur
• Capacité à organiser/animer un groupe de support
• Pédagogie
• Capacité à rendre compte
• Bon relationnel

Spécificité(s) / Contraintes du poste

• Veiller à la gestion, cohérence et exhaustivité des banques de données IRM et EEG avec les données cliniques recueillies sur un logiciel hébergé par le serveur de l’hôpital
• Faire le lien le cas échéant avec les techniciens et cliniciens impliqués dans le recueil des données
• Réaliser des déplacements sur différents laboratoires en Ile de France (Institut Pasteur, NeuroSpin CEA Saclay, …) de manière ponctuelle
• Respect de la confidentialité des informations

Expériences souhaitées

• Expérience confirmée en gestion de base de données, et/ou en développement et évaluation d’outils de traitement et d’analyse d’images
• Expérience en imagerie biomédicale

Diplôme(s) souhaité(s

• École d’ingénieur, master 2 (BAC +5)
• Doctorat en physique / imagerie médicale / traitement d’images

Structure d’accueil

Code unité

Intitule

Centre d’excellence InoVAND

Responsable

Pr R. Delorme

Composition

• Le centre d’excellence InoVAND regroupe plus d’une trentaine qu’équipes cliniques et scientifiques, mais aussi des associations.
• Il est piloté par le service de psychiatrie de l’enfant et de l’adolescent composé d’1 Chef de service, 12 PH, 2 CCA, 9 internes, ainsi que du personnel non médical (psychologues, orthophonistes, IDE, Logisticien, …)
• L’objectif du centre InoVAND est de promouvoir la recherche, et la clinique pour offrir des soins d’excellence en partenariat avec un réseau d’associations.

Adresse

Hôpital universitaire Robert Debré

48 bld Sérurier

75019 Paris

Metro 11 Porte des Lilas, 7bis Près Saint Gervais

Contrat

Type

CDD, possibilité de CDI à terme

Durée

Durée de 6 mois, renouvelable

Rémunération

Statut ingénieur de recherche, échelon négociable

Pour postuler

Documents pour candidater

CV, lettre de motivation, 2 lettres de recommandation ou coordonnées de 2 personnes référentes

Contacts

Richard Delorme richard.delorme@aphp.fr; Édouard Duchesnay edouard.duchesnay@cea.fr

Aurélie Bourmaud aurelie.bourmaud@aphp.fr; Ana Vergnon ana.vergnon@aphp.fr; Robin Bonicel  robin.bonicel@aphp.fr