Mots-Clés

package R/Shiny single-cell protéomique

Description

Objectifs : Conception et réalisation d’un outil logiciel basé sur des packages R/Shiny afin de permettre l’analyse statistique de données de protéomique par spectrométrie de masse sur cellule unique.

Description de l’équipe d’accueil : L’ingénieur(e) recruté(e) intégrera l’équipe EDyP (www.edyp.fr) du CEA de Grenoble, qui est spécialisée dans le développement d’outils computationnels pour l’analyse des données de protéomique. Plus précisément, il ou elle sera en charge de développer une nouvelle version de l’outil Prostar (cf. ci-dessous), qui sera dédiée aux données décrivant le protéome d’un ensemble de cellules analysées individuellement (aussi appelé « protéomique sur cellules uniques »).

Contexte : Prostar est un logiciel libre d’analyse biostatistique à l’usage des chercheurs en protéomique (https://www.prostar-proteomics.org/). Il s’agit d’un ensemble de packages R encapsulés dans un environnement graphique basé sur la technologie Shiny. Cet outil propose un ensemble de fonctionnalités qui ne sont pas adaptées aux spécificités des données sur cellules uniques (format des données, dimension, type de traitement, etc.). Il s’agira donc pour la personne recrutée de créer un « fork » du logiciel actuel, afin de proposer un outil indépendant spécifique à ces données, et de l’enrichir afin de correspondre aux mieux aux besoins des utilisateurs (des chercheurs en protéomique).

Profil :

• Titulaire d’un master 2 ou diplôme d’ingénieur en bioinformatique, en biostatistique, ou en science des données
• Fort intérêt pour le travail dans un environnement interdisciplinaire et les applications à la biologie/santé
• Parler couramment soit le français soit l’anglais

Les candidats doivent envoyer leur CV (version étendue) et leur lettre de motivation à Thomas Burger (thomas.burger@cea.fr) avant le 15 aout (prise de poste au plus tard le 1ier Novembre 2024)