Mots-Clés

informatique bioinformatique génétique

Description

LE POSTE

Le bio informaticien évolue sur le PTBM au sein d’une équipe pluriprofessionnelle (ingénieurs bio informaticiens, biologistes médicaux, médecins généticiens, ingénieurs techniques, internes, externes et techniciens de laboratoire). De plus, il interagit avec d’autres services du CHU notamment la direction du système d’information (DSI), la cellule qualité ainsi qu’avec des prestataires externes.

Son activité quotidienne s’inscrit dans un travail d’équipe, en étroite collaboration avec les autres corps de métier, afin de répondre à la mission de diagnostic génétique. Ces activités se déroulent dans un contexte normatif et de confidentialité liées aux activités de biologie médicale des laboratoires.

Missions :

L’ingénieur bio informaticien a pour mission principale de réaliser le traitement bio informatique des données issues du séquençage haut débit des analyses de génétique constitutionnelle. A cette fin il réalise les activités suivantes :

-Mise au point et maintenance des pipelines d’analyses (exomes et panels)

-Gestion et maintenance des logiciels et bases de données liées au diagnostic génétique

-Réalisation d’une veille scientifique, règlementaire et normative.

-Mise en conformité des activités bio informatiques avec la norme ISO15189 (qualification des pipelines, cahier des charges, gestion documentaire)

Il assure d’autres missions :

-Développement d’outils informatiques liés aux besoins des équipes techniques et médicales.

-Formation du personnel concernant la bonne utilisation des outils bio informatiques.

-Gestion de l’infrastructure informatique utilisée, en lien avec la direction du système d’information (DSI)

-Collaboration avec les prestataires externes pour la mise à jour des outils propriétaires en lien avec le NGS.

-Participation au traitement des données de nouvelles technologies (NGS long read, RNAseq) mises en place au laboratoire.

-Participation aux publications scientifiques.

PROFIL RECHERCHÉ

Compétences requises

• Utilisation et connaissance avancée des systèmes Linux
• Connaissance de différents langages de programmation (Python, Perl, Java, javascript, Bash, R…)
• Connaissance des outils de gestions de bases de données
• Maitrise des outils de gestion de version, de gestion de workflow et de conteneurisation
• Conception et utilisation d’architectures système pour le stockage et l’analyse de grande quantité de données
• Connaissance des différentes techniques de biologie moléculaire
• Etre capable de travailler en équipe
• Avoir des facultés d’intégration et d’adaptation au changement
• Avoir le sens du service public
• Maîtrise de l’anglais