Mots-Clés

plateforme de génétique, CHU, séquençage NGS, RNA-seq

Description

DEFINITION DU POSTE

Contexte
La Plateforme de Génétique Moléculaire (PGM) du CHU Clermont-Ferrand développe et met en place les techniques de séquençage haut débit (NGS) pour le diagnostic et la recherche en lien avec l’oncologie, les maladies génétiques constitutionnelles, la greffe, la microbiologie et la virologie.
Le poste d’ingénieur en bioinformatique sera dédié aux activités de NGS.

ACTIVITES PRINCIPALES

Conception, mise en place, gestion et optimisation des outils d’analyse et des chaines de traitement de données issues du NGS dans les domaines du diagnostic médical et de la recherche clinique. Contribution aux projets de recherche du CHU en lien avec la recherche clinique et la recherche translationnel. 

COMPETENCES REQUISES

Savoir faire
- Maitrise de langages de programmation (Perl, Python, bash) et de scripting.
- Maitrise du système d’exploitation Linux.
- Maitrise des outils de l’analyse bioinformatique de données NGS en génomique (détection de variants nucléotidiques, de structure), transcriptomique (RNA-Seq, transcrits du fusion) et épigénétique.
- Maitrise du travail sur cluster de calculs.
- Connaissances complémentaires en informatique (réseau, serveur, sécurité).
- Connaissances en création et gestion de bases de données (PHPmySQL).
- Compétences en méthodes de calculs et de graphisme statistiques (R).

- Compétences de base en développement web (PHP, html, javascript).
- Intérêt pour la biologie et les sciences médicales.
- Autonomie dans la prise de décision.
- Capacité à travailler en équipe et en réseau (comme le Réseau Français de Bioinformatique pour le Diagnostic).

Savoir être
- Sens du travail d’équipe
- Communication et diplomatie
- Rigueur