Mots-Clés

métagénomique virale réseaux virus/hôte cloud data lake assignation taxonomique

Description

Le contexte :
L'Université de Lyon 1, en collaboration avec 11 partenaires, coordonne le projet SHAPE-Med@Lyon (www.shape-med-lyon.fr). Le projet Virome@tlas  - récemment primé par le consortium SHAPEMed@Lyon dans le cadre de l’appel projets structurant 2023 - a comme objectif de développer une plateforme numérique dédiée à la surveillance de la virosphère. Ce projet collaboratif est porté par la plateforme PRABI-AMSB (UCBL1, FR BioEEnvis - http://amsb.prabi.fr), le laboratoire Environnement Ville et Société (Lyon2 - https://umr5600.cnrs.fr), le Centre International de Recherche en Infectiologie (HCL, plateforme GENEPII) et le laboratoire IVPC (INRAE - https://ipvc.lyon-grenoble.hub.inrae.fr ) en partenariat avec le laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive et l'Institut Français de Bioinformatique (NNCR cloud). Le projet Virome@tlas recrute un ingénieur de recherche en bioinformatique au sein de la plateforme PRABI-AMSB dans le but de consolider en tout début de projet un prototype de lac de données utilisant l'état de l'art des technologies analytiques du cloud et tourné vers la gestion des données massives de métagénomiques issues de SRA et leur application à l'exploration et la surveillance de la virosphère en collaboration avec une équipe interdisciplinaire.

Les missions principales :
La mission principale de l'ingénieur de recherche en Bioinformatique sera de consolider le prototype de lac de données du projet Virome@tlas en collaboration et intéraction étroite avec le consortium. La personne recrutée développera plus particulièrement des chaines de traitement bioinformatique reproductibles (script bash, python) pour l'extraction, la transformation et le chargement des données (procédure ETL) au sein du système à partir des métadonnées SRA du NCBI et des données d'assignation taxonomique déjà produites par l'algorithme SRA-STAT. L'ingénieur participera au développement de procédures d'analyse reproductibles de données massives sur le cloud à travers des notebook (Jupyter, R) dans le but de répondre aux questions adressées par le consortium. La mission secondaire concernera la formation des membres du consortium à l'utilisation de l'infrastructure au travers des Notebook et l'organisation d'évènements (Hackathon) ouvert à la communauté SHAPEMed@Lyon.