Mots-Clés

single-cell R modélisations statistiques omics cancérologie pédiatrique intégration gestion de projets

Description

Contexte

Le poste s’inscrit dans le cadre du Centre d’Excellence en cancérologie pédiatrique SOUTH-ROCK récemment labellisé par l’INCa (https://www.crcm-marseille.fr/actualites/communiques-de-presse/south-rock-lalliance-lyon-marseille-dans-la-lutte-contre-le-cancer-pediatrique/). En capitalisant sur les complémentarités des équipes cliniques et de recherche de Lyon et Marseille, les objectifs de South-ROCK sont de structurer la recherche translationnelle en oncopédiatrie, autour de programmes de recherche originaux et ambitieux. Il propose de relever les défis d’améliorer le soin et la prévention des cancers pédiatriques, avec un focus sur le contexte développemental pré- et post-natal dans lequel ils apparaissent.

Des modèles innovants combinés à l'intégration d'ensembles de données multi-omiques seront utilisés pour comprendre comment le détournement des programmes de développement peut conduire à une transformation maligne, et quel est l’impact de l’âge au diagnostic sur ces processus. Ces informations serviront à la mise en place de nouveaux traitements combinatoires ciblant l'hétérogénéité et la plasticité intra-tumorale, et leurs schémas d’administration seront optimisés mathématiquement. Enfin, l'impact des polluants sur l'initiation et la progression des tumeurs sera évaluée, en mettant l'accent sur les aspects épigénétiques et métaboliques.

Environnement de travail

Vous serez intégré dans une équipe dont les missions sont de contribuer à l’analyse de données dans le champ de la santé publique et de la médecine 5P. Ces missions nécessitent le développement de méthodes bioinformatiques et statistiques spécifiques, développement réalisé dans le cadre d’une interaction fructueuse entre le versant hospitalier du service et son versant universitaire (Equipe Biostatistiques Santé – Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive – UMR CNRS 5558 – Université Lyon 1). L’équipe est constituée d’environ 25 personnes, et a à son actif près de 800 publications.

Dans le cadre du projet SOUTH ROCK, vous serez amené à coordonner les actions des bioinformaticiens/biostatisticiens, en lien avec les plateformes Gilles Thomas et Share4Kids. Vous participerez à des réunions sur différents sites sur Lyon (HCL, CLB, CRCL) et à des réunions nationales.

Profil recherche

Diplômes: Titulaire d’un diplôme d’ingénieur et d’un doctorat en biostatistique avec une spécialisation approfondie en bioinformatique (ou réciproquement)

Expériences: A minima 5 ans d’expérience, notamment en intégration multi-omiques (bulk et single-cell)

Aptitudes / compétences:

• Traduire une question biomédicale en question statistique, proposer des réponses statistiques, programmer les analyses, les réaliser et aider à l’interprétation des résultats produits.
• Maîtrise et développement de pipelines bioinformatiques d’intégration de données omiques (transcriptomique, génomique, protéomique, …), notamment single-cell.
• Maîtrise des fondamentaux en statistiques mathématiques (calcul des probabilités, tests statistiques, vraisemblance, …).
• Maîtrise des modélisations statistiques usuelles en recherche clinique, épidémiologie (modèles linéaires généralisés, modèles mixtes, …) et maîtrise des méthodes spécifiques aux données grandes dimensions (Lasso, PLS...).
• Expérience dans la conduite des analyses statistiques et bioinformatiques sur des données réelles.
• Maîtrise de la programmation avec les logiciels statistiques R ou SAS. Bonne connaissance de linux, python ou perl.
• Bonne aptitude au travail en équipe multidisciplinaire.
• Capacité à gérer plusieurs projets en parallèle.
• Anglais scientifique parlé, lu et écrit.
• Autonomie, rigueur, organisation.

Prise de fonction: Dès que possible

Contrat: CDD temps plein, possibilité d’évolution vers un CDI ou CDI selon conditions administratives