Mots-Clés

Intégration, Pipeline, Snakemake, Docker, Galaxy

Description

Description du poste

L’AP-HP est un centre hospitalier universitaire à dimension européenne mondialement reconnu. Ses 39 hôpitaux accueillent chaque année plus de 8 millions de personnes malades en consultation, en urgence, lors d’hospitalisations programmées ou en hospitalisation à domicile, assurant ainsi un service public de santé pour tous, 24h/24. L’AP-HP est le premier employeur d’Ile de-France : 95 000 personnes – médecins, chercheurs, paramédicaux, personnels administratifs et ouvriers – y travaillent.

Au sein du pôle Innovation et Données (I&D) de la DSN de l'AP-HP, la plateforme de bioinformatique MOABI a pour missions la centralisation progressive du stockage des données de génomique, leur analyse dans le cadre de processus maitrisés et normalisés, la mise à disposition d’outils d’exploitation des résultats, l’animation d'une communauté bioinformatique de l’AP-HP regroupant plusieurs dizaines d'ingénieurs, le support technique et scientifique, la formation et la veille technologique en bioinformatique. La stratégie mise en place à MOABI pour le développement de pipelines d’analyses permet de garantir un niveau de standardisation, de traçabilité et de reproductibilité de qualité industrielle.

Afin de renforcer l’équipe Intégration de la plateforme MOABI, nous recherchons un.e ingénieur.e en bioinformatique qui participera :
    • à l'implémentation et à la mise en place des outils et des chaînes de traitement d'analyses
    • aux projets de développements logiciels conduits par la plateforme
    • à la création de paquets Debian et de conteneurs
    • à la valorisation et au partage des applications développées dans la communauté scientifique
    • à la formation et au support des utilisateurs
    • à l'administration et à la maintenance d’un serveur Galaxy
    • à la mise en place et l’animation d’une communauté autour de Galaxy à l’AP-HP
    • à la larticipation aux projets transversaux de la plateforme MOABI

Compétences professionnelles

    • Excellente connaissance des langages Python, Bash et R
    • Excellente connaissance d’un gestionnaire de workflow (snakemake, nextflow)
    • Excellente connaissance des environnements virtuels (Docker, VM)
    • Maîtrise de l'environnement Linux/Unix, idéalement distribution Debian (création de paquet)
    • Maîtrise des bonnes pratiques de développement informatique (gestion de version, test fonctionnels) amenant à la production d’un code fiable

Compétences interpersonnelles

    • Autonomie, rigueur, méthode
    • Excellentes qualités relationnelles, esprit d’équipe et organisationnelles
    • Excellentes qualités de communication
    • Capacité de travail très importante, associée à un fort dynamisme
    • Curiosité, capacité d’adaptation et d’anticipation
    • Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques et/ou médicales.
    • Adhésion aux valeurs du service public et intérêt prononcé pour le domaine de la santé
    • Adhésion aux valeurs de partage de connaissances et de compétences