Mots-Clés

Protéomique spatiale, analyse d'image, MALDI, biologie du cancer, déficit en alpha-1 antitrypsine,

Description

Analyse de données de protéomique spatiale MALDI-TOF issus de carcinomes hépatocellulaires développés par des patients déficitaires en Alpha 1-Antitrypsine.

Description :

Ce stage de Master 2 se concentre sur l’analyse de données de protéomique spatiale (analyse MALDI) issues de tumeurs hépatiques développées par des patients porteurs d’une maladie rare génétique : le déficit en Alpha 1-Antitrypsine (AATD). Ces patients défit aires présentent en effet un risque 20 à 50 fois plus élevé de développer un carcinome hépatocellulaire (CHC), en comparaison de la population générale. Malgré ce constat, très peu de données sont disponibles concernant les CHCs survenus sur un déficit en AAT. Les mécanismes moléculaires impliqués dans le développement et la progression de ce type de cancer restent inexplorés. Ce stage s’intègre ainsi dans un projet plus global visant à identifier la signature moléculaire spécifique de ces tumeurs.

Ce stage porte sur des données de protéomique spatiale qui ont été d’ores et déjà générées par la plateforme iMAP (UMR1149) et ceci à partir de 10 échantillons CHC-AATD. L’analyse bioinformatique de ces résultats portera dans un premier temps exclusivement sur le tissu tumoral, mais, selon l’avancée des analyses, pourra être étendue au tissu péritumoral et au microenvironnement tumoral. La spécificité de ces données sera notamment évaluée par comparaison à des données de protéomique spatiale provenant d’échantillons de CHCs issus de de patients non déficitaires et obtenues par la plateforme IMAP.

Compétences requises: Ce projet étant à l’interface entre l’analyse spatiale (image) et de données biologiques « omiques ». Une bonne maitrise en programmation en R est requise. L’encadrement sera assuré par les Dr Etienne Becht (Bioinformaticien UMR1149), Samuel Amintas (Biologiste INSERM 1312) et Hélène Cazier (Biologiste plateforme iMAP). Le candidat peut présenter un profil bioinformatique ou informatique. Le ou la candidate devra faire preuve de rigueur et de curiosité. Selon le profil, de nombreuses pistes d’analyse peuvent être envisagées (statistiques bivariées « classiques », modèles mixtes en prenant en compte la composante spatiale, méthodes de deep learning…).

Informations complémentaires: L’offre de stage s’adresse aux étudiants en Master 2 pour l'année 2024-25, pour une durée de 5 à 6 mois avec gratification (~580 euros par mois, remboursement partiel des titres de transport). Les dates de début et fin sont flexibles. Le stage sera officiellement déclaré auprès de l'unité INSERM U1312 BRIC (Bordeaux Institute of Oncology; https://www.bricbordeaux.com/) à Bordeaux mais le stagiaire réalisera son stage et sa formation au sein du laboratoire Inserm ; CRI UMR 1149 ; Université Paris Cité, Hopital Beaujon, Clichy la garenne.

Contacts :

- Etienne Becht : etienne.becht@inserm.fr

- Samuel Amintas : samuel.amintas@u-bordeaux.fr

- Hélène Cazier : helene.cazier@inserm.fr