Mots-Clés

holobionte système d'information intégration de données métadonnées (méta-)génomique

Description

Ingénieur·e d’étude développement d’application
MUDIS4LS – IS5 : Intégration de données “Holobiontes”
L’objectif du groupe de travail IS5 du projet MuDiS4LS, est de proposer des bonnes pratiques
(description des échantillons, métadonnées et ontologies) et un cadre opérationnel (flux de données,
stockage, diffusion et archivage) pour améliorer l’échange de données génétiques et multi-omiques
agricoles en implémentant un cas d’étude particulier autour de l’holobionte. L’holobionte définit
dynamiquement un organisme hôte végétal ou animal et son microbiote, en fonction notamment de
contraintes environnementales. Plusieurs équipes partenaires de l’Institut Français de Bioinformatique
développent des projets ayant pour objectif de caractériser un holobionte. Ces projets ont en commun de
produire des données massives permettant de décrire précisément un environnement (données
géographiques, climatiques, observations, enquêtes, ...), l’organisme d’intérêt (phénotypes, analyses
biochimique, transcriptomiques ou métabolomiques,...), et un microbiote (abondances bactériennes ou
fongiques obtenues par analyse métagénomique par amplicon, génome assemblés et annotés,...).
Nous recherchons un ingénieur pour une durée d’environ 24 mois pour implémenter ce cas d’étude à
partir de données déjà acquises sur des complexes biologiques autour plantes cultivées et des animaux
d’élevage. Il s’agira de développer un système d’information facilitant la collecte, la validation puis
l’intégration de l’ensemble des données et métadonnées de ces projets en respectant les ontologies du
domaine (ces dernières pouvant être étendues si nécessaire). Les données, une fois structurées et
enrichies de connaissances (liens vers des ressources ou bases de données externes), devront être
accessibles pour des analyses spécifiques (extraction, statistiques ou production de graphiques), de
manière programmatique ou à travers d’une interface web. Enfin, à partir des enseignements tirés de ce
cas d’étude, un ensemble d’usages et de bonnes pratiques pour la gestion des données “Holobiontes”
devra être diffusé à la communauté.
L’ingénieur·e sera localisé·e à l’IGEPP (INRAE Rennes) ou sur la plateforme Migale (INRAE Jouy en
Josas), au sein d’une équipe de bioinformaticiens et sera en contact régulier avec des experts ayant
produit les données ou souhaitant les analyser.
Compétences souhaitées :
·
·
·
·
·
·
·
Bonne connaissance de la génomique et de la métagénomique
Connaissance des bases de données “graphe” (RDF ou Neo4J)
Utilisation de Framework JavaScript pour le développement d’interfaces (Django, flask,
Vue.js, ...)
maîtrise de l’environnement Unix/Linux
Pratique courante d’un langage de programmation (Python, R,...)
expérience appréciée dans la mise en œuvre de gestionnaires de workflow
(NextFlow,Snakemake ou autre)
Connaissance des pratiques FAIR (ontologies, standards de métadonnées)
Capacités personnelles:
·
·
·
Diplôme minimum souhaité : M2 info ou bio-informatique
Bon sens de l’organisation, rigueur, méthode et motivation
Envie de travailler en équipe
Contact : Les candidatures (CV + lettre de motivation) doivent être envoyées à Olivier Rué
(olivier.rue@inrae.fr) et Fabrice Legeai (fabrice.legeai@inrae.fr).