Mots-Clés

bioinformatique métagénomique shotgun pathogènes snakemake mamba

Description

Description du projet

Vos missions

Sous l’encadrement de votre maître de stage (Arnaud Felten), vous serez amené à participer au développement des outils et workflows (snakemake) nécessaires à l’identification et l’analyse génomique de pathogènes à partir de données issues du séquençage métagénomique shotgun.

Le stage comportera 3 étapes :

• L’état des lieux bibliographique

• Le développement et/ou la mise en place et l’adaptation d’une solution existante

• L’application sur des données test et sur des données réelles

Vous créerez votre propre workflow ou adapterez/combinerez des solutions complètes existantes en vous appuyant sur l’état de l’art dans le domaine métagénomique, en assurant le suivi du développement via git/gitlab, la gestion des environnements via mamba sur un cluster géré par slurm (environnements exploitables déjà en place). Cela impliquera des étapes d’assemblage, d’identification, de tri, de catégorisation permettant de mieux connaître la communauté d’une population hétérogène bactérienne/virale/fongique/parasitaire tout en en identifiant des éléments clés (résistance aux antibiotiques, virulence, éléments mobiles). Vous pourrez aussi vous appuyer sur des jeux de tests pour vous assurer de la cohérence et de la reproductibilité de vos résultats. Ce sujet s’inscrit dans un projet de recherche impliquant des équipes aux modèles biologiques variés (bactéries, virus, nématodes) desquels nous exploiterons les données de séquençage.

Conditions particulières

Travail en laboratoire confiné (P2+ : grandes fenêtres mais qu’on ne peut pas ouvrir)

Il existe une possibilité de logement à la Maison des Etudiants, à 200 mètres du laboratoire.

Date de prise de fonction négociable.

Votre équipe

Le poste est localisé au Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, site de Ploufragan (Saint-Brieuc), dans l’unité de Génétique Virale et Biosécurité (GVB) et dans l’équipe Bioinformatique.

L’unité GVB (18 membres) comprend 4 équipes qui travaillent dans le domaine des maladies infectieuses chez le porc, des interactions hôtes-pathogènes, de la vaccination et de la bio-informatique. De plus elle héberge une plateforme de Séquençage haut débit ouverte à l’ensemble des laboratoires de l’Anses.

Elle contribue, grâce à une dynamique de plateforme (NGS, transcriptomique), à fournir un environnement scientifique et technique propice aux activités de recherche et de référence du site de Ploufragan-Plouzané ainsi qu’aux autres sites de l’Anses.

Dans le cadre de son activité de plateforme de séquençage haut début, l’UGVB a été amenée à développer ses capacités d’analyse en bioinformatique et à proposer une offre de services accessible aux différents laboratoires de l’Anses. Elle a pour cela développé un certain nombre d’outils bioinformatiques et mis a disposition des équipes partenaires une instance Galaxy quelle maintient et gère.

L'équipe bioinformatique est actuellement composée de 4 permanents et 1 post-doctorant.

Profil recherché

Diplôme préparé

Vous préparez un master 2 en bioinformatique

Compétences (connaissances attendues, savoir-faire, savoir être)

• Compétences scientifiques et/ ou techniques en bioinformatique

• Maitrise de langages/outils de programmation (python, snakemake, R, mamba, git)

• Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe

• Capacités rédactionnelles avérées et aptitudes à la communication orale

• Capacité d’analyse et de synthèse

• Maîtrise de l’anglais scientifique (communication écrite et orale)

• Maîtrise des environnements unix/linux

• Des connaissances en biologie moléculaire seront appréciées

• Aptitude organisationnelle, rigoureux(se), autonome et dynamique. Le candidat doit avoir un sens développé du travail en équipe

L'agence

Synthèse

L'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) assure des missions de veille, d'expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être animal, et la santé végétale. Elle offre une lecture transversale des questions sanitaires et appréhende ainsi, de manière globale, les expositions auxquelles l'Homme peut être soumis à travers ses modes de vie et de consommation ou les caractéristiques de son environnement, y compris professionnel.

L’Anses informe les autorités compétentes, répond à leurs demandes d'expertise. L'Agence exerce ses missions en étroite relation avec ses homologues européens.

L'Anses en chiffres

1400 agents et 800 experts mobilisés
Budget annuel : 141 millions d’euros
Plus de 14000 avis émis depuis 1999
66 mandats de référence nationale
8 millions d’euros/an en soutien aux appels à projets de recherche

Pour en savoir plus : www.anses.fr