Mots-Clés

Entrepôt de données micro-organismes fermentation omiques SI

Description

Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Grand Défi Ferments du Futur (https://www.fermentsdufutur.eu/), dont la durée prévisionnelle est de 10 ans, un programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030. Co-piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros, ce consortium public-privé de 34 partenaires réunit des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés.

Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché(e) administrativement à l’unité de recherche MaIAGE (http://maiage.inrae.fr) dans laquelle vous exercerez vos missions au sein de la plateforme bioinformatique Migale (http://migale.inrae.fr). Migale opère l’infrastructure informatique du projet Ferments du Futur et coordonne le développement informatique de l’entrepôt de données visant à rassembler toutes les informations sur les micro-organismes et les consortia microbiens pouvant intervenir dans la fermentation des aliments. Ces données sont de nature variée --- omiques, phénotypiques, capacités métaboliques, etc. --- et alimenteront les approches prédictives développées dans le projet pour la conception de nouveaux aliments fermentés. Cet entrepôt de données sera accompagné d’une interface conviviale permettant une intégration simple des données, une exploration fine des données par les biologistes et un requêtage efficace pour les algorithmes d’apprentissage.

Sous la responsabilité scientifique du responsable opérationnel de la plateforme Migale, vous serez principalement en charge du développement informatique de cet entrepôt de données, avec un autre ingénieur de développement actuellement en poste. Vous travaillerez également en étroite collaboration avec l’ingénieur en bioinformatique en charge de développer des pipelines pour la production de données secondaires à stocker dans l’entrepôt et l’ingénieur en gestion de données qui assurera l’alimentation et la curation des données de l’entrepôt.

Vos principales activités seront : 

• Participer à l’expression du besoin et au cahier des charges.
• Modéliser, concevoir et développer l’entrepôt de données.
• Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
• Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques.
• Assurer la maintenance évolutive et curative des développements réalisés.
• Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production.
• Réaliser le déploiement.
• Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les développements en assurant le suivi des versions.
• Assurer une assistance fonctionnelle et technique aux utilisateurs.
• Participer à la conception et à la conduite des actions de formation.

Vous serez amené-e à interagir régulièrement avec le groupe de travail « data » qui centralise les besoins en termes de gestion des données produites et traitées dans Ferments du Futur. Vous interagirez également avec les autres personnels Ferments du Futur au sein des unités de la plateforme distribuée et de la plateforme centrale, sous la coordination du directeur des opérations et technologies Ferments du Futur.

Vous consacrerez environ 20% de votre temps sur des activités de la plateforme Migale en lien avec vos compétences et affinités, afin de garantir une bonne articulation entre vos activités Ferments du Futur et votre équipe d’accueil. À ce titre, vous serez intégré dans le CATI BOOM et serez encouragé-e à participer aux réseaux métiers nationaux.