Mots-Clés

RNA-Seq, transcriptomique, génomique, microbiologie

Description

Contexte de travail

L'IRCAN est un institut public de recherche scientifique, situé à Nice, au campus Pasteur.

Les sujets qui y sont développés concernent la compréhension des mécanismes biologiques unissant le vieillissement et les cancers.

Le stagiaire intégrera le service "Informatique & Bioinformatique" de l'IRCAN dont le rôle est d’apporter un soutient bioinformatique et informatique aux équipes de recherche de l’institut ou sur des projets de recherche en collaboration avec des partenaires académiques.

Le projet de stage se réalisera en partenariat avec l’équipe du Professeur Ruimy, chef de service du laboratoire de bactériologie du CHU de Nice et chercheur rattaché à l’institut C3M, ainsi qu’avec le Docteur Dorota Czerucka chercheuse au Centre Scientifique de Monaco. L’étudiant sera principalement basé à Nice à l’IRCAN, mais pourra ponctuellement se rendre dans les laboratoires des 2 autres partenaires.

Le stage sera d’une durée de 6 mois (ou réduit à 5 mois si besoin) et pourra débuter entre janvier et mars 2025

 

Sujet

La température joue un rôle important chez les bactéries pathogènes pour l’homme telles que les Shigelles, les Salmonelles ou les Listeria. En effet, il a été montré qu’à la température du corps humain l’expression géniques des micro-organismes est plus forte, en particulier pour les facteurs de virulence impliqués dans l’adhésion, la prolifération et la survie. Cependant il existe peu de données sur l’effet de l’augmentation de la température de l’eau de mer sur l’expression des facteurs de virulence des bactéries pathogènes pour l’homme. Dans le cas des Vibrio parahaemolyticus nous avons par exemple démontré que l’expression des facteurs, impliqués dans l’adhésion et la formation des biofilms, s’accroît avec la hausse des températures de l’eau de mer (Billaud M et al. Frontier Microbiology 2022).

Ce projet a comme objectif d’identifier des bactéries environnementales à partir d’échantillons prélevés en Méditerranée et connues pour être des pathogènes pour l’homme. Nous souhaitons également étudier l’impact de la hausse de température de l’eau de mer sur l’expression des facteurs de virulence.

A partir des prélèvements effectués dans l’estuaire du Var nous avons isolées sur boite agar des clones bactériens. Après identification par MALDI-TOF certaines souches d’intérêt comme des Aeromonas, Vibrio et Shewanella ont été retenues pour être étudiées. Ces souches ont été cultivées à différentes températures : 27°C qui est la température de la Méditerranée enregistrée actuellement, 31°C qui est la température de l’eau de mer prévue l’été avec le réchauffement climatique et enfin 37°C qui correspond à la température du corps humain. L’ADN des clones cultivés à différentes T° a été extrait, séquencé et leurs génomes ont été reconstitués. Nous avons réalisé des études génomiques qui nous ont permis de caractériser précisément les espèces et de vérifier si la température n’a pas affecté leurs génomes.

La deuxième phase de projet consiste à comparer les ARNm de ces souches dans différentes conditions. Nous souhaitons étudier les variations d’expression des gènes lorsque la température de l’eau augmente. Pour cela, à partir des clones cultivés à différentes températures nous avons extrait et séquencé leur transcriptome.

Le stage consistera à réaliser les analyses différentielles de ces données RNA-Seq. En particulier, nous souhaitons savoir si les variations de température ont des incidences sur l’expression des gènes codants pour des facteurs tels que ceux impliqués dans la virulence des bactéries ou la résistance aux antibiotiques.