Mots-Clés

pangénome, gène centré, graphe, ontologies, variations structurales

Description

Contexte

Innolea conduit les activités de recherche en génétique et génomique végétale sur les espèces oléagineuses pour trois acteurs français majeurs de l’obtention variétale oléo-protéagineuse, Lidea, Limagrain, RAGT Semences, et le fonds d’innovation des huiles et protéines végétales porté par Sofiprotéol.

Dans ce cadre, nous recherchons un stagiaire en master 2 ou dernière année d’école d’ingénieur pour un stage en bioinformatique au sein de la plateforme « Oilseeds Data Analysis and Science » d’INNOLEA. Cette plateforme a pour objectifs de développer des outils bioinformatiques, de gérer et d’analyser des données omiques, génétiques et de phénotypage dans le but d’identifier des régions génomiques d’intérêt et de proposer des gènes candidats pour des approches de génétique inverse.

Description du stage

Ce stage aura pour objet des approches pangénomiques avec deux volets d’études :

• Etude pangénomique gène centrée avec l’exploitation des résultats de gene atlas produits par Innolea pour des espèces du genre Helianthus et pour les espèces de la famille brassicaceae. L’objectif est d’exploiter l’utilisation de la Gene Ontology, la classification EC, les annotations fonctionnelles pour identifier les fonctions de gènes sur-représentées dans le génome core et les génomes spécifiques.
• Etude pangénomique en graphe avec la comparaison de plusieurs outils dans un objectif d’extraction de variations structurales pour les espèces brassica et helianthus.

Profil

• Connaissances des ontologies, des annotations fonctionnelles, du concept d’orthologie, de la pangénomique.
• Compétence en programmation en Python.
• Linux / Unix, les clusters de calcul hautes performances (Slurm)
• Utilisation de GIT.
• Développement de workflows (nextflow).
• Anglais scientifique.