Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

pangénomique transcriptomique gènes candidats pour la pathogénie Ganoderma palmier à huile

Description

L’émergence de maladies fongiques chez les plantes ainsi que l’apparition de souches plus agressives est une conséquence directe des changements globaux. La culture du palmier à huile en Afrique est confrontée à l’émergence d’une maladie fongique d’origine tellurique, la pourriture basale du stipe (BSR). En Asie du sud-est, cette maladie est déjà bien installée depuis plusieurs décennies et elle est à l’origine de pertes significatives de rendement. Les agents pathogènes responsables de la BSR sont des basidiomycètes du genre Ganoderma : G. boninense en Asie et G. Rywardenii en Afrique. Sur les deux continents, la forte variabilité du niveau d’agressivité des isolats témoigne d’un important réservoir d’adaptation vis-à-vis de l’hôte. Le doctorant aura pour mission d’identifier des facteurs moléculaires impliqués dans la pathogénie des isolats africains. Il s’agira notamment de déterminer quels facteurs sont des composantes conservées et donc vraisemblablement indispensables à la pathogénie et quels facteurs sont plutôt susceptibles de contribuer à la variabilité d’agressivité observée entre isolats. Pour cela, la thèse s'appuiera sur deux expériences, génomique et transcriptomique, permettant de comparer l'agressivité des isolats. Cela nécessitera d'une part d'assembler, d'annoter des génomes de Ganoderma et de construire un pangénome; et d'autre part de produire des transcriptomes de Ganoderma, de calculer tables de comptage et différentiel d'expression, et de construire des réseaux de gènes coexprimés. D'autres développements bioinformatiques seront probablement nécessaire pour la partie spécifique: 1) décrire les gènes candidats d’agressivité et leur distribution dans plusieurs génomes puis 2) les caractériser (contexte génomique, fonction prédite, patron d’expression et patron de diversité nucléotidique) et enfin 3) déterminer leur position dans les réseaux de gènes et/ou des voies métaboliques associés à l’interaction hôte/pathogène.