Mots-Clés

séquence génome entier, signature de sélection, génomique

Description

Contexte:

Depuis longtemps, les bovins sont soumis à de très fortes pressions de sélection exercées par l’homme et l’environnement. Ces processus ont donné lieu à une grande variété de races bovines présentant des caractéristiques spécifiques. En effet, les pressions de sélection ont entrainé des modifications génomiques particulières permettant de contrôler le standard de race, la conformation corporelle, les performances de production, la reproduction, le comportement ou l'adaptation à différentes conditions environnementales. Ces empreintes uniques laissées dans les régions génomiques soumises à la sélection sont appelées « signatures de sélection ». La cartographie de ces empreintes est d’un intérêt tout particulier car elle permet d’identifier les gènes et les mutations favorables qui apportent un avantage sélectif chez le bovin et de retracer l’histoire des populations.

Depuis 2012, l’équipe G2B s’est pleinement investie dans des gros projets de séquençage haut débit et a séquencé le génome entier d’environ 1400 animaux de 18 races bovines. L’équipe a aussi accès aux données issues des séquences de 6191 bovins produites par le consortium international « 1000 génomes bovins ». Ce dispositif a été exploité pour construire une base de données contenant 103 millions de variants génétiques couvrant l’ensemble du génome bovin. Cette base, unique par sa richesse, permettra de conduire cette étude de cartographie fine des régions génomiques soumises à ces forces de sélection. 

Objectifs:

Dans ce contexte, l’objectif principal de ce projet est d’exploiter cette base de variants génétiques pour mieux caractériser la diversité génétique et la structure des races et identifier les régions génomiques sous-jacentes aux processus de sélection.

Travail demandé:

1. Identification des régions génomiques soumises à des pressions de sélection.
2. Recherche et étude des gènes bovins associés à ces régions.
3. Etude de leur lien avec certains phénotypes d’intérêt agronomique

Compétences techniques recherchées:

Connaissance en bio-informatique et connaissances de base en génétique et génomique