Ingénieur développement de pipeline en protéotypage/métaprotéomique
CDD-OD · IE · 18 mois (renouvelable) Bac+5 / Master CEA / Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (Li2D) · Bagnols sur Ceze (France) 2861€ bruts
Date de prise de poste : 9 décembre 2024
Mots-Clés
Python Pipelines Protéotypage Métaprotéomique Protéomique IA
Description
Contexte
L’offre s’incrit dans les activités innovantes de détection et caractérisation d’organismes et de marqueurs par spectrométrie de masse du Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (Li2D). Au sein de la plateforme ProGénoMix du laboratoire, mondialement reconnue dans le domaine de la protéomique microbienne et de la métaprotéomique, vous travaillerez dans une équipe de 3 personnes, dont un chercheur en bioinformatique senior.
La laboratoire est situé à 5 mn de Bagnols sur Cèze, 20 mn d'Orange et 30 mn d'Avignon.
Description du poste
L’offre concerne le besoin d’évolution d’un pipeline existant, écrit en Python, permettant la caractérisation taxonomique et fonctionnelle d’échantillons inconnus.
Les missions principales du poste incluront de:
- Tester et intégrer divers outils récents de mises en correspondance spectres MS/MS – séquence de peptides (DDA, DIA, de novo…) dans le process global de protéotypage,
- Sélectionner et appliquer des méthodes de classification ou de régression par IA adaptées aux jeux de données disponibles,
- Optimiser les bases de données d’organismes utilisées pour un compromis couverture / rapidité / empreinte mémoire, en intégrant les nouveaux séquençages d’organismes (isolats, MAGs, SAGs …)
- Définir, mettre en œuvre et valider un estimateur de confiance global (Python, R),
- Améliorer l’IHM du pipeline, la documentation des développements, et simplifier et optimiser le code existant,
Compétences souhaitées
- Fortes compétences en développement de code Python
- Connaissances / compétences en méthodes IA.
- Connaissances SQL
Aptitudes personnelles
- Force de proposition
- Reporting
- Rigueur
Candidature
Procédure : Envoyer un mail à olivier.pible@cea.fr, avec CV, lettre de candidature et si possible : -lettre de recommandation ou coordonnées de référents. -notes obtenues pendant la formation
Date limite : 6 octobre 2024
Contacts
Olivier Pible
olNOSPAMivier.pible@cea.fr
Offre publiée le 13 septembre 2024, affichage jusqu'au 6 octobre 2024