Mots-Clés

Bioinformatique,Métabolomique, Lipidomiques, biostatistique, chémoinformatique

Description

BIOASTER est l'unique Institut de Recherche Technologique dans le domaine de la santé en France. Dédié à l'infectiologie et à la microbiologie, il rassemble les compétences de l'industrie et de la recherche publique pour répondre aux enjeux de santé publique liés aux maladies infectieuses.

Fondation de Coopération scientifique dotée d'infrastructures et de moyens propres, l'IRT BIOASTER s'inscrit résolument dans une optique de développement économique et industriel, créatrice de richesses et d'emplois.

Poste

I- MISSION: Au sein de l’Unité Technologique Omics, et en lien avec son responsable, le chargé de recherche développe et intégre de nouvelles méthodes/outils d’analyse dans le cadre des projets de BIOASTER sur des données métabolomiques/lipidomiques.

II- RATTACHEMENT : Unité technologique Omics

III – PRINCIPALES ACTIVITEES :

• De manière autonome ou en lien avec d’autres scientifiques, évaluer, choisir, adapter et implémenter les solutions d’analyses bioinformatiques et biostatistiques nécessaires à la gestion et au traitement des données de métabolomiques/lipidomiques générées au sein des projets et des prestations
• Participer à l’interprétation des données en lien avec les biologistes et les experts scientifiques
• Développer, automatiser et documenter les flux d’analyse dans le respect des pratiques de l’équipe Biologie Computationnelle pour notamment l'annotation de composés et l'interprétation des données métabolomiques/lipidomiques (Utilisation de réseaux)
• Participer à l’idéation et la maturation de projets de recherche pour construire les réponses à la question scientifique, définir la faisabilité technique, le budget et le calendrier
• Promouvoir l’innovation et les bonnes pratiques
• Suivre l'évolution technologique dans le domaine (veille scientifique)
• Communiquer sous forme écrite (rapports de projet, publications scientifiques, brevets) et orale (réunions d’avancement, congrès), les résultats obtenus, en français ou en anglais
• Adhérer à la démarche qualité et répondre aux exigences de la certification ISO-9001
• Analyser des données mono-omics telle que la génomique, transcriptomique ou protéomique mais aussi multi-omics

Profil

IV – PROFIL :

Compétences

De formation Ingénieur en bioinformatique/chémoinformatique avec 3 ans minimum d’expérience en analyse de données OMICS ou PhD en bioinformatique/chémoinformatique réalisés dans ce domaine au cours de vos précédentes expériences, vous avez développé les compétences suivantes :

• Connaissances approfondies en bio-informatique et en analyses biostatistiques dans l'analyses de données issues de la spectrométrie de masse (MS) et RMN
• Connaissances des bases de données caractérisant les composés (polaires et/ou lipides) et des outils pour leur exploitation/enrichissement de pathways
• Expertise d'un des langages Python ou R
• La connaissance d'autre langage de programmation serait un plus: perl, groovy, php, mysql, C/C++
• Maîtriser l’outil de versioning Git
• Maîtriser l’environnement Linux (ligne de commande, outils, …)
• Une première expérience dans les domaines et technologies suivantes serait appréciée : HPC (Slurm - SGE), nextflow, snakemake, Conda
• Visualisation de données
• Connaissances de base en biologie, biochimie
• Anglais courant (rédaction et présentations)

Aptitudes personnelles

• Autonomie
• Rigueur, organisation et méthode
• Esprit d’équipe
• Créativité
• Écoute et communication
• Aisance relationnelle
• Capacités d'analyse et esprit de synthèse
• Qualité rédactionnelle
• Ouverture d’esprit