Mots-Clés

Geroscience biologie du vieillissement biologie computationnelle multi-omics machine learning deep learning

Description

 

Ingénieur.e de Recherche Bioinformaticien.ne

 

Structure d’accueil.

Département, Unité, Institut.

IHU HealthAge, Geroscience & Prevention

Unité de Soutien Méthodologique à la Recherche (USMR) (Methodological Research Support Unit)

Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Toulouse (Toulouse University Hospital)

 

A propos de la Structure.

Fondé et présidé par le Pr. Bruno VELLAS, CHU de Toulouse, l’Institut Hospitalo-Universitaire HealthAge, Institut de recherche translationnelle en gérosciences pour favoriser en vieillissement en bonne santé est le seul IHU en France exclusivement dédié au vieillissement. Officiellement lancé le mardi 2 avril 2024, l’IHU HealthAge a pour ambition de renforcer l’excellence du site toulousain comme centre de référence en Europe et dans le monde en Géroscience. Son fonctionnement repose sur 5 piliers : Pilier I (Permettre une longévité en santé pour continuer à pouvoir faire ce qui est important pour chacun d’entre nous à tous les âges de la vie) ; Pilier II (Mieux comprendre les mécanismes biologiques du vieillissement pour lutter contre les maladies liées au vieillissement) (Dr. Laure ROUCH) ; Pilier III (Etudier l’impact coût efficacité du programme ICOPE), Pilier IV (Une plateforme de recherche translationnelle et d’essais cliniques en Géroscience) ; Pilier V (Un centre de recherche, de soins et de formation mettant ses travaux et données à la disposition de tous pour  un partage des connaissances). L’ingénieur.e de Recherche Bioinformaticien.ne sera rattaché.e à l’Unité de Soutien Méthodologique à la Recherche (USMR), dirigée par le Pr. Sandrine ANDRIEU et travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs de l’IHU HealthAge et du Centre d’Epidémiologie et de Recherche en Santé des Populations (CERPOP) INSERM 1295, Equipe AGING MAINTAIN (Maintaining intrinsic functions and capacities with aging : preventive and personalized interventional research). L’équipe CERPOP AGING MAINTAIN , également dirigée par le Pr. Sandrine ANDRIEU, se caractérise par sa pluridisciplinarité croisant différents regards afin d’appréhender le vieillissement et sa gestion dans leur globalité. Les programmes pluridisciplinaires visent à mieux comprendre les processus du vieillissement, en particulier biologiques, à approfondir l’analyse des facteurs de risque de déclin fonctionnel et cognitif liés à l’avance en âge et aux processus pathologiques (maladie d’Alzheimer, fragilité, sarcopénie), à démontrer l’effet protecteur de certains facteurs grâce à la mise en place de larges essais de prévention, et à répondre à certaines problématiques méthodologiques soulevées par ces programmes en population âgée.

 

Responsables. Pr. Bruno VELLAS, Pr. Sandrine ANDRIEU, Dr. Sophie GUYONNET

Adresse. 37 Allées Jules Guesde, 31 000 Toulouse, France

 

 

 

Description du poste.

Mission principale.

L’ingénieur.e de Recherche Bioinformaticien.ne recruté.e participera au sein de l’IHU HealthAge à la compréhension des mécanismes biologiques du vieillissement via l’identification de biomarqueurs moléculaires permettant de détecter et de manipuler les décompensations biologiques à un stade précoce, avant que ne se produisent les changements structurels conduisant au déclin fonctionnel et aux pathologies liées à l’âge.

L’une des missions de ce poste sera l’analyse intégrative de données multi-omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique, métabolomique, protéomique…), afin d’identifier et d’interpréter des groupes de marqueurs « omiques » hautement corrélés à une pathologie donnée ainsi que d’identifier d’éventuels sous-types de cette pathologie. Dans une perspective de médecine personnalisée, l’objectif est de mieux modéliser l’étiologie de diverses pathologies et conditions liées au vieillissement, afin de mieux en prédire leur évolution, l’efficacité d’un traitement, voire d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques.

Activités principales.

• Analyser des données biologiques massives dans les domaines des sciences omiques (génomique, épigénomique, métabolomique, transcriptomique, protéomique etc.)
• Appliquer des techniques avancées de machine learning et deep learning
• Programmer et développer des algorithmes d’analyse de données et de simulation
• Formuler des modèles mathématiques pour interpréter des mesures biologiques et fournir des prédictions

Connaissances.

• Connaissances avancées des approches de bio-informatique pour l’analyse de données
• Expérience significative en data science/analysis, en particulier traitement de données omiques multi-espèces
• Expérience significative en machine learning et deep learning (Support Vector Machine, Random Forest, Convolutional Neural Networks etc.)
• Connaissances des différents langages de programmation (R, Python, SQL…)
• Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source (git, GitLab)
• Connaissance des gestionnaires de workflow courants en bio-informatique (nextflow en priorité)
• Maîtrise des environnements Linux
• Expérience avec Slurm pour la gestion de clusters de calcul haute performance (HPC) appréciée
• Bonne connaissance des biostatistiques
• Connaissances générales en biologie cellulaire et moléculaire
• Expérience ou intérêt marqué pour la biologie computationnelle appliquée à la Géroscience
• Anglais niveau C1

Savoir-faire.

• Maîtrise des méthodes quantitatives d’analyse de grandes bases de données, savoir interpréter et critiquer les résultats obtenus
• Capacité à communiquer en anglais : présentations orales, rédaction de rapports de synthèse et d’articles scientifiques
• Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques
• Capacité à co-encadrer des étudiants sur des projets de recherche

Aptitudes.

• Candidat.e dynamique hautement motivé.e
• Intérêt et capacité au travail en équipe dans un environnement de recherche translationnelle pluridisciplinaire incluant biologistes, épidémiologistes, bio-informaticiens, bio-statisticiens, cliniciens
• Rigueur et autonomie
• Aptitude pour les collaborations internationales
• Compétences organisationnelles : gestion du temps et des priorités
• Mobiliser des ressources et des savoirs hautement spécialisés dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études comme base d’une pensée originale
• Participer à la formation interne des membres du laboratoire aux méthodologies bio-informatiques
• Accompagner les équipes de recherche : conseils méthodologiques, aide à la rédaction d’articles ou de demandes de financement

Niveau de diplôme et formation(s). Bac + 8 (éventuellement Bac +5 a minima). Master 2, diplôme d’ingénieur ou PhD en bio-informatique, biologie computationnelle ou équivalent. En l’absence de PhD, 1 à 2 ans d’expérience post-master en lien avec les activités.

 

Informations générales.

Date de prise de fonction. Octobre (Novembre) 2024

Durée. 12 mois renouvelables

Temps de travail. Temps plein

Activités télétravaillables. Oui 2 jours par semaine

 

Modalités de candidature.

Date limite de candidature. 30 septembre 2024

Contact. Dr. Laure ROUCH, Maître de Conférences des Universités - Praticien Hospitalier (MCU-PH)

Envoyer CV, lettre de motivation et 2 lettres de recommandation à rouch.l@chu-toulouse.fr

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Bioinformatics Research Scientist

 

Institution.

IHU HealthAge, Geroscience & Prevention

 

Methodological Research Support Unit, Toulouse University Hospital, Toulouse, France

 

About the institution.

Founded and led by Prof. Bruno VELLAS, Toulouse University Hospital, the Institut Hospitalo-Universitaire HealthAge is a translational research institute in Geroscience focused on promoting Healthy Longevity. It is the only IHU in France exclusively dedicated to Aging Research. Launched on April 2, 2024, the IHU HealthAge aims to reinforce Toulouse's position as a world-class reference center in Geroscience, both within Europe and internationally. The IHU HealthAge is structured around 5 fundamental pillars: Pillar I (Advancing Healthy Longevity accessible for all at the national level in France); Pillar II (Unraveling the biological mechanisms of aging to prevent age-related diseases) (Dr. Laure ROUCH); Pillar III (A large-scale prevention trial to establish the clinical and cost-effectiveness of an ICOPE-based intervention); Pillar IV (A Geroscience Trial Platform); Pillar V (Flagship Open Science Hub and Education). The Bioinformatics Research Scientist will be affiliated with the Methodological Research Support Unit, Toulouse University Hospital, led by Prof. Sandrine ANDRIEU and will work closely with researchers from IHU HealthAge and CERPOP (Center for Research in Epidemiology and Population Health) INSERM 1295, Team AGING MAINTAIN (Maintaining intrinsic functions and capacities with aging : preventive and personalized interventional research). The CERPOP AGING MAINTAIN team led by Prof. Sandrine ANRIEU, is characterized by its multidisciplinary approach, combining different perspectives to address aging and its management in a comprehensive way. The multidisciplinary programs aim to get a better understanding of biological aging processes involved in age-related diseases including cognitive aging and dementia, to identify risk and resilience factors for functional and cognitive decline, to implement large-scale prevention trials and to address related methodological issues.

Pr. Bruno VELLAS, Pr. Sandrine ANDRIEU, Dr. Sophie GUYONNET

Address. 37 Allées Jules Guesde, 31000 Toulouse, FRANCE

 

Position summary.

The Bioinformatics Research Scientist will work within the IHU HealthAge to unravel the role of biological aging in age-related diseases and conditions by identifying molecular biomarkers and signatures before any structural changes or overt impairment. One of the primary activities will be the integrative analysis of multi-omics data (genomics, epigenomics, transcriptomics, metabolomics, proteomics…). From a personalized medicine perspective, the overall goal is to more accurately model the etiology of age-related diseases, enabling the prediction of their progression, the identification of new biological pathways and potential therapeutic drug candidates using computer-assisted methods.

 

Key responsibilities.

• Analyze large-scale biological data in the field of omics sciences (genomics, epigenomics, metabolomics, transcriptomics, proteomics, etc.)
• Apply advanced machine and deep learning techniques
• Program and develop data analysis and simulation algorithms
• Develop mathematical models to interpret biological measurements and provide predictions

Knowledge/Expertise.

• Advanced knowledge of bioinformatics approaches for data analysis
• Significant experience in data science/analysis, in particular multi-species omics data processing
• Significant experience in machine learning and deep learning (Support Vector Machine, Random Forest, Convolutional Neural Networks, etc.)
• Knowledge of various programming languages (R, Python, SQL, etc.)
• Knowledge of source code versioning tools (git, GitLab)
• Knowledge of common bioinformatics workflow managers (Nextflow in priority)
• Proficiency in Linux environments
• Experience with Slurm for high-performance computing (HPC) cluster management appreciated
• Good knowledge of biostatistics
• General knowledge of cellular and molecular biology
• Experience or strong interest in computational biology applied to Geroscience
• English level C1

 

Skills.

• Strong ability to interpret and critically evaluate results, ensuring accurate and insightful conclusions
• Proficiency in English communication including delivering oral presentations, writing summary reports and scientific articles
• Ability to carry out a bibliographical analysis of IT tools
• Ability to co-supervise students on research projects

 

Abilities.

• Passionate, dynamic and highly motivated candidate
• Ability to work in a multidisciplinary translational research environment with biologists, epidemiologists, bioinformaticians, biostatisticians, and clinicians
• Rigor and autonomy
• Aptitude for international collaborations
• Organizational skills: time and priority management
• Ability to provide foundational bioinformatics training to lab members, methodological support and assistance with article and grant application writing

 

Education/training requirements.

PhD in Bioinformatics, Computational Biology, or equivalent.

 

General information.

Start date. October (November) 2024

Duration. 12 months, renewable

Work hours. Full-time

Remote work. max 2 days per week

 

Application process.

Application deadline. September 30, 2024

Contact.

Dr. Laure ROUCH, PharmD, PhD, HDR, Associate Professor

IHU HealthAge, INSERM 1295 Aging Team

Please send CV, cover letter and 2 recommendation letters to rouch.l@chu-toulouse.fr