Mots-Clés

Paludisme, autochtone, bioinformatique, NGS, génomique, France

Description

Présentation du stage

Selon le dernier rapport de l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS), le paludisme à Plasmodium falciparum entraîne environ 620 000 décès par an (près de 95% en Afrique subsaharienne). Malgré l'endémicité du paludisme dans de nombreuses régions tropicales et subtropicales, des cas autochtones peuvent se produire en France métropolitaine par différents moyens : un moustique infecté transporté par un avion non désinsectisé, un bagage contenant un moustique infecté, etc.

En collaboration avec le Centre National de Référence du Paludisme (Hôpital Bichat Claude-Bernard, Paris, France), nous avons à disposition l’ADN parasitaire d’une cinquantaine de cas de paludisme autochtone survenus ces 10 dernières années. L'objectif du stage sera de retrouver l'origine géographique des parasites, en comparant la diversité génétique des parasites identifiés en France avec plusieurs centaines d'isolats provenant de régions endémiques du monde entier. Ce travail vise à tracer la source des infections et à mieux comprendre les risques d'importation du paludisme.

En parallèle, le stage portera également sur l’étude d'un cas potentiel de paludisme transfusionnel, où un patient aurait été infecté par transfusion sanguine. Le stagiaire aura pour mission de comparer le génome du parasite prélevé chez le donneur et chez le receveur, afin de confirmer ou infirmer ladite transmission.

Description des tâches

Le stage se déroulera au sein de l’unité de recherche 7510 ESCAPE (EpidémioSurveillance et CirculAtion de Parasites dans les Environnements), affiliée à l’Université de Rouen Normandie. Le/la stagiaire travaillera principalement sur le séquençage du génome complet des différents cas de paludisme autochtone (approche Illumina), puis déterminer l’origine géographique des parasites pour les différents cas. Les principales étapes de travail incluront :

• L’utilisation de méthodes bioinformatiques pour assembler les génomes de Plasmodium falciparum à partir de données de séquençage (Illumina).
• La réalisation d'analyses phylogénétiques pour identifier les continents impliqués.
• L’analyse de la diversité génétique des parasites identifiés en France métropolitaine, en les comparant à un ensemble de plusieurs centaines d'isolats dont l'origine géographique est connue. Les pays à inclure dépendront de l’analyse phylogénétique précédemment réalisées. Pour cela, nous utiliserons une approche innovante basée sur l’intelligence artificielle.
• L’analyse du cas suspect de paludisme transfusionnel : comparaison du génome du parasite du donneur avec celui du receveur pour détecter des correspondances génétiques et valider ou non la transmission par transfusion sanguine.

Le/la stagiaire devra également participer à la rédaction d'un article scientifique en anglais, pour la publication des résultats.

Profil du candidat recherché

Le/la candidat(e) idéal(e) devra posséder les compétences suivantes :

• Des connaissances en bioinformatique, en particulier dans l'analyse de données de séquençage à haut débit (NGS).
• Être à l’aise avec un langage de programmation (par exemple, Python ou R)
• Des connaissances en génétique et en microbiologie (connaissances sur le paludisme et les parasites Plasmodium seraient un atout).
• Des bases sur les logiciels et outils bioinformatiques d'assemblage et d'analyse de génomes (BLAST, BWA, GATK, etc.)
• Une bonne capacité à travailler en équipe et à s'adapter à un environnement pluridisciplinaire.
• Des compétences rédactionnelles (rédaction d'un article scientifique en anglais, rapport de stage).