Mots-Clés

Bioinformatique intelligence artificielle calcul à haute performance (HPC) nextflow snakemake

Description

Dans le cadre du projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+), l’IFB recrute un ingénieur bioinformaticien à Villeurbanne (plateforme bioinformatique PRABI), pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer le calcul à haute performance (HPC) et l'intelligence artificielle (AI) aux données de biologie.

Missions principales :

- Assurer un rôle de conseil et d'expertise pour l’intégration logicielle des applications scientifiques en Biologie des partenaires du projet, et piloter l’analyse des besoins et l'intégration sur les ressources de calcul HPC/IA du projet (supercalculateur JeanZay GENCI & CNRS, CBPsmn).
- Animer le groupe de travail, à travers l'organisation des réunions, la rédaction des rapports, documentations techniques et fonctionnelles.

Contexte de travail :

Le poste sera localisé sur la plateforme de l'Institut Curie à Paris. 

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L’IFB déploie sur l’ensemble du territoire national des services en bioinformatique: infrastructure de calcul, logiciels et bases de données, analyse des données biologiques, gestion des données, formations.

Le projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+) finance l’équipement de l’ensemble du réseau national de ressources computationnelles (NNCR) de l’IFB, et des développements innovants pour faciliter la gestion des données, et l’appui aux communautés des sciences du vivant (microbiologie, santé, agronomie, environnement). 

Dans ce contexte, l’IFB recrute un ingénieur bioinformaticien en déploiement d'applications sur des ressources haute performance et en intelligence artificielle pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer le calcul à haute performance (HPC) et l'intelligence artificielle (AI) aux données de biologie (une expérience en HPC et/ou en IA sera appréciable). 

La plateforme de bioinformatique de l’Institut Curie est composée de 20 bioinformaticiens, biostatisticiens et ingénieurs logiciels, qui offrent une expertise multidisciplinaire et apportent un support aux plateformes biotechnologiques de CurieCoreTech, ainsi qu’aux unités de recherche et à hôpital dans leurs activités quotidiennes. Les compétences portent sur la gestion et l’analyse de données, le développement logiciels et le calcul scientifique.

La personne recrutée sera formée à son arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique. Elle s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.