Mots-Clés

Transcriptomique spatiale single-cell RNA-seq meta-analyse workflows plateforme R et python

Description

La plateforme bioinformatique du LabEx CORTEX (Université Lyon 1) propose un projet de stage de M2 visant à développer et affiner les workflows d’analyse de données de transcriptomique spatiale Stereo-Seq et Xenium à l’aide d’outils R et Python, afin d’apporter de nouvelles perspectives sur l’étude des interactions cellulaires au sein du cerveau. Ce travail sera réalisé en collaboration avec les équipes de recherche en neurosciences ayant produit les données spatiales avec la plateforme et sera supervisé par l’ingénieur bioinformaticien responsable de la mise en place de la transcriptomique spatiale.

Le (la) stagiaire aura pour mission principale de mettre en place, rechercher et évaluer des pipelines et méthodes bioinformatiques pour l’analyse de données transcriptomiques spatiales, et participera également à la vie de la plateforme à travers diverses autres activités.

Le (la) candidat(e) doit être capable de travailler dans un environnement Unix, maîtriser le logiciel R et être à l’aise avec Python. Une expérience en analyse de données "single cell" serait un atout mais n’est pas obligatoire. Le (la) candidat(e) doit faire preuve d’enthousiasme, d’autonomie et de bonne organisation.