stage M2 analyse transcriptomique spatiale

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   Plateforme bioinformatique du Labex CORTEX (Université Lyon 1) · Lyon (France)  ~500 €/mois

 Date de prise de poste : 13 janvier 2025

Mots-Clés

Transcriptomique spatiale single-cell RNA-seq meta-analyse workflows plateforme R et python

Description

La plateforme bioinformatique du LabEx CORTEX (Université Lyon 1) propose un projet de stage de M2 visant à développer et affiner les workflows d’analyse de données de transcriptomique spatiale Stereo-Seq et Xenium à l’aide d’outils R et Python, afin d’apporter de nouvelles perspectives sur l’étude des interactions cellulaires au sein du cerveau. Ce travail sera réalisé en collaboration avec les équipes de recherche en neurosciences ayant produit les données spatiales avec la plateforme et sera supervisé par l’ingénieur bioinformaticien responsable de la mise en place de la transcriptomique spatiale.

Le (la) stagiaire aura pour mission principale de mettre en place, rechercher et évaluer des pipelines et méthodes bioinformatiques pour l’analyse de données transcriptomiques spatiales, et participera également à la vie de la plateforme à travers diverses autres activités.

Le (la) candidat(e) doit être capable de travailler dans un environnement Unix, maîtriser le logiciel R et être à l’aise avec Python. Une expérience en analyse de données "single cell" serait un atout mais n’est pas obligatoire. Le (la) candidat(e) doit faire preuve d’enthousiasme, d’autonomie et de bonne organisation.

Candidature

Procédure : Les candidats intéressés sont invités à contacter Guillaume Marcy à l’adresse suivante : guillaume.marcy@univ-lyon1.fr

Date limite : 11 octobre 2024

Contacts

Guillaume Marcy

 guNOSPAMillaume.marcy@univ-lyon1.fr

Offre publiée le 16 septembre 2024, affichage jusqu'au 11 octobre 2024