Mots-Clés

RNAseq Long Reads Nanopore workflows plateforme R Python

Description

La plateforme bioinformatique du LabEx CORTEX (Université Lyon 1) propose un projet de stage de M2 visant à développer et affiner les workflows d’analyse de données Long Reads Nanopore, afin d’apporter de nouvelles perspectives sur l’étude de l’expression des isoformes. Ce travail sera réalisé en collaboration avec les équipes de recherche ayant produit ces données Nanopore avec la plateforme.

Le (la) stagiaire aura pour mission principale de mettre en place, rechercher et évaluer des pipelines et méthodes bioinformatiques pour l’analyse de données Long Reads Nanopore, et participera également à la vie de la plateforme à travers diverses autres activités.

Le (la) candidat(e) doit être capable de travailler dans un environnement Unix, maîtriser le logiciel R et être à l’aise avec Python. Une expérience en analyse de données RNAseq serait un atout mais n’est pas obligatoire. Le (la) candidat(e) doit faire preuve d’enthousiasme, d’autonomie et de bonne organisation.