Mots-Clés

Séquençage ADN libre circulant Méthylation Fragmentation Origine tissulaire Multi-omique

Description

Sujet de stage
Le CNRGH est le centre national de recherche en génomique humaine du CEA qui permet de répondre aux questions scientifiques nécessitant des besoins de séquençage et de génotypage à haut débit grâce au développement et à la mise en oeuvre de technologies innovantes et intégrées. L'organisation du CNRGH permet d'optimiser la recherche en génétique et en génomique des maladies humaines, en créant les liens indispensables entre la constitution des cohortes (échantillons d'ADN), l'identification des gènes responsables, l'étude du transcriptome et de l'épigénome.

L’équipe de recherche de biomarqueurs non-invasifs développe des méthodes pré-analytiques et analytiques pour le séquençage de l’ADN circulant afin d’identifier de nouveaux biomarqueurs non-invasifs de maladies complexes. L’analyse des profils de méthylation et de fragmentation de l’ADN libre circulant est un domaine de recherche récent visant à identifier les tissus ou les cellules d’origines des fragments d’ADN présents dans les bio-fluides.
L’objectif du stage est d’identifier l’origine tissulaire dans l’ADN libre circulant par l’analyse de la méthylation et/ou de la fragmentation issus du séquençage de NGS.

Description de l’offre
Durant votre stage, vous aurez pour missions :
 Implémenter de nouvelles méthodes d’intégration multi-omiques au workflow pour l’analyse de l’ADN libre circulant
 Elaboration de scripts sur R et/ou python
 Traitement et analyse des données de séquençage de méthylation et de fragmentation
 Identification de l’origine tissulaire dans l’ADN libre circulant

Profil du candidat
Vous préparez un Bac +5 (master ou ingénieur) en Bioinformatique, Bioanalyse et/ou biostatistique.
Vous avez des connaissances :
 Programmation: R, bash et Python
 Systèmes de gestion de versions (Git)
 Analyses statistiques et machine learning
 Analyse de données de séquençage NGS
 Biologie moléculaire
Vous maîtrisez l’anglais.