Mots-Clés

NGS transcriptomiques RNA-Seq plantes

Description

Missions
Développer de nouveaux pipelines d'analyse NGS et traiter les données de séquençage à haut débit dans le cadre de divers projets de l'équipe, qui portent sur la régulation des ARN messagers chez la plante modèle Arabidopsis thaliana.

Activités
L'équipe d'accueil s'intéresse aux rôles des régulations post-transcriptionnelles dans le développement et l'adaptation des plantes à leur environnement. L'équipe développe notamment de nombreuses approches haut-débit relatives aux ARN messagers. En vue de renforcer son activité de recherche, l'équipe d'accueil recherche un ingénieur ou une ingénieure en bioinformatique pour un contrat de 12 mois pour développer des pipelines d'analyse dédiés aux approches NGS. La personne recrutée travaillera sur des jeux de données très variés de type RNAseq, 5'Pseq, m6Aseq ou RIPseq.

Dans ce cadre, la personne recrutée :
- aura en charge le développement de pipelines pour répondre aux questions biologiques posées.
- participera à l'analyse des données issues de ces pipelines
- mettra en forme les données en vue de l'écriture de publications

Compétences
Bioinformaticien ou bioinformaticienne titulaire d'un bac +5 souhaité

Vous disposez des compétences suivantes :
- Expérience avérée en analyse de données NGS de type RNAseq
- R (Bioconductor) et l'utilisation des outils statistiques
- Connaissances approfondies en bash/unix
- Expérience sur cluster de calculs
- Compréhension des problématiques biologiques et capacité à mettre en œuvre des solutions bioinformatiques pour y répondre.
- Pratique courante de l'anglais écrit et oral (Niveau B2)
- Un fort attrait pour la recherche fondamentale est vivement recommandé.
- Vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d'esprit d'équipe.

Contexte de travail
L'Institut de Biologie Moléculaire des Plantes est une Unité Propre de Recherche du CNRS , situé sur le campus de l'Université de Strasbourg et qui développe des recherches fondamentales sur la réponse des plantes aux stress biotiques et abiotiques. La personne recrutée intégrera l'équipe mRNA Dynamics qui s'intéresse aux régulations post-transcriptionnelles chez les plantes. Il/Elle sera notamment rattaché.e aux travaux développés par les chercheurs permanents de l'équipe et travaillera aussi en étroite collaboration avec la plateforme bioinformatique. La personne recrutée intégrera un environnement de travail jeune et dynamique.

Le poste est à pouvoir à partir de mi novembre pour une durée de 6 mois. La période peut-être renouvelable une fois.