Mots-Clés

Génomique comparative Streptococcus

Description

Streptoccus uberis est un des principaux agents responsables de mammites chez la vache laitière, que ce soit des mammites cliniques ou subcliniques. Les répercussions sur l’élevage sont nombreuses : pertes économiques, altération du bien-être animal ou encore utilisation accrue d’antibiotiques. La mise en œuvre de nouvelles stratégies pour lutter contre les mammites causées par S. uberis nécessite de mieux connaître le processus infectieux et, plus spécifiquement, les caractéristiques génotypiques et phénotypiques importantes pour le déroulement de l’infection.

Ce stage s’inscrit dans un projet plus global de caractérisation génomique et phénotypique de souches de S. uberis.

A partir d’une collection de 213 souches de S. uberis issues de cas de mammites, une sélection de 110 souches a été faite.

Objectifs/questions scientifiques

L’objectif de ce stage est de réaliser l’analyse détaillée du génome de ces souches. Le candidat ou la candidate réalisera notamment l’assemblage des génomes à partir des données de séquençage Illumina, leur annotation et leur analyse.

Faisabilité

Les données de séquence pour 110 souches sont disponibles. A partir de ces données et des métadonnées disponibles, il s’agira notamment de réaliser :

• une analyse des relations phylogénétiques entre ces différentes souches,
• une analyse comparative des répertoires de gènes, notamment des gènes du métabolisme, entre ces différentes souches mais aussi avec d'autres souches de Streptocoques du groupe pyogènes (S. pyogenes, S. agalactiae,...).
• une analyse du répertoire de gènes de virulence et d'antibiorésistance de ces souches.
• une analyse de la présence d’éléments génétiques mobiles dans ces génomes tels que des plasmides ou des prophages.

Ces données nous permettront de mieux comprendre le succès de S. uberis comme pathogène de mammite et serviront ensuite de support pour la mise en œuvre de nouvelles stratégies vaccinales ou d’alternatives aux antibiotiques pour favoriser l’élimination de S. uberis.

Publications significatives de l’encadrant depuis 2019 (5 maximum)

1. Védrine M., Gilbert F.B., Maman S. et al. Soluble CD14 produced by bovine mammary epithelial cells modulates their response to full length LPS, 25 August 2023, PREPRINT (Version 2) available at Research Square [https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-3039905/v2]
2. Germon P, Martins RP (2023) Immune defences of the mammary gland in dairy ruminants. Reprod Domest Anim 58 Suppl 2:4-14.
3. Rainard P, Reperant-Ferter M, Gitton C, Germon P (2021) Shielding Effect of Escherichia coli O-Antigen Polysaccharide on J5-Induced Cross-Reactive Antibodies. mSphere 6.
4. Leclercq SO, Branger M, Smith DGE, Germon P (2021) Lipopolysaccharide core type diversity in the Escherichia coli species in association with phylogeny, virulence gene repertoire and distribution of type VI secretion systems. Microb Genom 7.