Mots-Clés

web variant calling vcf javascript

Description

Contexte : La détection des variations structurales au sein des génomes, tels que les SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) et les indels (insertions/délétions), revêt une importance capitale dans la sélection variétale moderne. Ces variations génétiques peuvent influencer directement des caractéristiques phénotypiques des plantes cultivées. En identifiant et en comprenant ces variants, les sélectionneurs peuvent accélérer le processus de sélection variétale, en ciblant directement les allèles favorables qui confèrent des traits d’intérêt.

Dans ce contexte, nous avons construit une base de données répertoriant les variations structurales présentent au sein de nos espèces d’intérêt. Nous souhaitons à présent mettre à disposition cette ressource via une interface web « user-friendly ». Le stage s’inscrit dans ce projet et vise à développer différents modules d’interrogation des fichiers VCF (Variant Call Format) permettant de répondre aux besoins de nos utilisateurs.

Description de la mission : Vous intégrerez l’équipe Outils Génomiques appartenant à la plateforme Génomique Appliquée composée de bio-informaticiens et généticiens. Vous serez amenés à développer des modules d’interrogation de fichiers VCF qu’il vous faudra intégrer à une interface web. Pour se faire, vous devrez :

• Interagir avec les futurs utilisateurs afin de comprendre leurs besoins et identifier des solutions adaptées.
• Identifier les outils et les commandes associés pour l’interrogation des VCF.
• Implémenter ces outils au sein de modules accessibles via l’interface graphique.
• Tester et valider les modules développés.
• Documenter les codes et les procédures pour faciliter la maintenance et l’évolution des outils.

Profil recherché :

• Étudiant(e) en Master 2 Bio-informatique ou domaine connexe.
• Maitrise des commandes Unix.
• Maitrise d’un langage de programmation (Python, R, Bash).
• Connaissance en utilisation d’un cluster de calcul.
• Connaissance en analyse de données génomiques.
• Des compétences en programmation web sont un plus.
• Des connaissances sur la structure et le traitement de fichiers VCF sont un plus.
• Compétence organisationnelle, autonomie, rigueur et esprit d’initiative.
• Capacité à travailler en équipe.
• Langue : Français (courant), anglais (scientifique) oral et écrit.