Mots-Clés

Analyse de données de séquençage RNA-seq single cell RNA-seq single cell ATAC-seq cellules souches hématopoïétiques Hématologie

Description

Contexte

Dans le cadre d’un projet ANR, s’intéressant aux mécanismes de régulation responsables du dimorphisme sexuel dans l’écosystème hématopoïétique, l’équipe MABioS (Mathématique et Algorithmique pour la Biologie des Systèmes, É. Remy ; I2M) et l’équipe d’Estelle Duprez, (Biologie moléculaire integrative dans l’hématopoièse et la leucémie, Inserm U1068, CNRS, Aix-Marseille Université et institut Paoli-Calmettes) recrutent un(e) Ingénieur(e) d’Etude en bioinformatique pour l’analyse de données transcriptomiques et épigénétiques générées par le laboratoire de biologie moléculaire et issus des données publiques

Missions

Appliquer et développer une approche de biologie des systèmes à partir de données OMICs (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) générées en bulk ou à l’échelle de la cellule unique, à partir de cellules souches hématopoïétiques (CSH) murines et humaines pour décrypter les mécanismes liés au dimorphisme sexuel des néoplasmes hématologiques du sujet âgé.

La personne recrutée prendra en charge les analyses bioinformatiques du projet, elle sera amenée principalement à analyser des données humaines de scRNA-seq et scATAC-seq, avec un volet d’intégration de ces analyses multi-omics dans un modèle de réseau de régulation élaboré en parallèle dans le projet. Des marqueurs du dimorphisme sexuel des CSH ont déjà été identifiés chez la souris et l’objectif sera d’identifier les dérégulations communes aux deux modèles afin de modéliser leur rôle dans le vieillissement des CSH humaines in silico et in-vitro et ceci dans le but de mieux comprendre les déterminants du dimorphisme sexuel chez l’homme.

Environnement de travail

Le poste est localisé au Centre de Recherche en cancérologie de Marseille sur le site de l’institut Paoli-Calmettes. Le CRCM comprend plus de 400 chercheurs, ingénieurs et cliniciens, répartis dans une vingtaine d’équipes. La personne travaillera en interaction régulière avec différents acteurs du projet (3 labos), dont l’équipe MABioS sur le campus de Luminy, et bénéficiera de l’expertise de la plateforme de bioinformatique Cibi du CRCM ainsi que celle de l’équipe DUPREZ. 

Compétences appréciées

• Outils de versioning / développement collaboratif (Gitlab / Github)

• Organisation et gestion de projet

Compétences interpersonnelles

• Aimer le travail en équipe et le partage des connaissances

• Savoir présenter son travail de façon claire et synthétique

• S’intéresser aux sciences biologiques et aimer communiquer avec les biologistes

• Travailler avec rigueur et méthode

• Capacité à anticiper et à résoudre les problèmes