Mots-Clés

Génomique Transferts Horizontaux Plantes grimpantes Long reads Génomes assemblés

Description

Etude de transferts horizontaux entre les génomes des lianes et des arbres par une approche de génomique comparative à grande échelle

Contexte

Les transferts horizontaux se définissent par l'échange de matériel génétique entre des individus d'espèces non apparentées, sans passer par les mécanismes traditionnels de reproduction. Ces échanges, qui contredisent les principes classiques de l'hérédité mendélienne, sont de plus en plus observés chez les plantes, élargissant notre compréhension des interactions génétiques dans les écosystèmes.

Les recherches récentes menées par notre équipe ont, pour la première fois, mis en lumière plusieurs cas de transferts horizontaux entre des lianes et diverses espèces d'arbres sur lesquelles elles grimpent. Les transferts identifiés jusqu'à présent ne représentent toutefois qu'une infime partie de l'ensemble des échanges horizontaux qui pourraient se produire entre lianes et arbres, et que nous soupçonnons de se produire à une fréquence bien plus élevée dans la nature, contribuant ainsi à une dynamique évolutive des génomes insoupçonnée.

Afin de pousser plus loin nos recherches, nous avons récemment séquencé et assemblé, à l'aide de la technologie de pointe PacBio, les génomes complets de 12 espèces de plantes grimpantes prélevées dans une réserve naturelle, la forêt de la Massane. Ces données génomiques nous offrent, pour la première fois, une opportunité unique d'explorer ces transferts horizontaux à très grande échelle entre lianes et arbres, ouvrant de nouvelles perspectives sur la complexité des interactions génétiques au sein des écosystèmes. 

Le ou la candidat(e) sera chargé(e) de caractériser les transferts horizontaux entre les lianes et arbres en exploitant les génomes nouvellement séquencés ainsi qu’une centaine d'autres génomes. Pour cela, il/elle sera amené(e) à élaborer et/ou optimiser des méthodes bio-informatiques déjà utilisées au sein de notre laboratoire pour l'identification des transferts horizontaux dans des génomes assemblés.

Objectifs du stage

• Développer et ou améliorer les méthodes bio-informatiques pour identifier des transferts horizontaux au sein de génomes assemblés.
• Valider l’hypothèse selon laquelle les transferts horizontaux sont plus fréquents chez les lianes en comparaison à d’autres espèces de plantes.

Profil de candidat recherché

• Étudiant(e) en bio-informatique (en Master 2) ou domaine connexe.
• Bases solides en programmation (Bash, Python ou R).
• Compétences en analyse phylogénétique/phylogénomique.
• Compétences en analyse de données omiques sera un plus.
• Autonome, rigoureux(se) et doté(e) d'un esprit d'équipe.
• Bonne maîtrise de l’anglais (écrit et oral).

Encadrement et conditions d’accueil

• Le stage sera co-encadré par le Dr Moaine El Baidouri (chercheur CNRS, HDR) et Lee Mariault (doctorant en troisième année).
• Le ou la stagiaire sera hébergé(e) au sein du laboratoire génome et développement des plantes à l'université de Perpignan Via Domitia (http://lgdp.univ-perp.fr/)
• Le ou la stagiaire bénéficiera d’un accès à un serveur de calcul bio-informatique,
• La durée prévue du stage est de 5 à 6 mois en fonction du parcours de l’étudiant et débutera en janvier ou février 2025.
• La gratification du stage sera d’environ 570 euros par mois (selon barème en vigueur).
• Selon son attrait pour la recherche et l’avancement du sujet, le ou la stagiaire pourra éventuellement poursuivre en thèse en fonction des possibilités de financements.

Référence

Genome-wide analysis of horizontal transfer in non-model wild species from a natural ecosystem reveals new insights into genetic exchange in plants . Aubin E, Llauro C, Garrigue J, Mirouze M, Panaud O, El Baidouri M (2023). PLoS Genet 19(10): e1010964. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1010964. 

https://www.science-et-vie.com/article-magazine/les-lianes-ont-ladn-baladeur

https://www.francetvinfo.fr/replay-radio/le-billet-sciences-du-week-end/quand-les-arbres-fusionnent-avec-les-lianes_6134661.html

Envoyez votre CV et lettre de motivation à moaine.elbaidouri@univ-perp.fr et lee.mariault@univ-perp.fr