Mots-Clés

Immunologie, single-cell RNA-seq, tumeur

Description

Stage au sein du CIML (Centre d’Immunologie de Marseille Luminy) dans l’équipe du Dr. Rejane RUA “Immunosurveillance du système nerveux central” en collaboration avec le Dr. Romain FENOUIL du groupe Computational Biology, Biostatistics & Modeling (CB2M) du CIML.

Titre: 

Analyse de données single-cell pour découvrir les populations immunitaires clés dans le méningiome

Description du projet: 

Les méningiomes représentent l’une des tumeurs intracrâniennes les plus fréquentes, présentant des formes agressives et récurrentes. L'identification des populations cellulaires spécifiques impliquées dans la progression tumorale est cruciale pour comprendre les mécanismes sous-jacents à leur développement et proposer des cibles thérapeutiques.

L’objectif principal de ce stage est d’identifier des populations cellulaires spécifiques responsables de la progression et de l’agressivité des méningiomes, en intégrant des données de single-cell chez la souris et des données humaines existantes. Ces connaissances permettront à terme de définir des cibles moléculaires potentielles pour des interventions thérapeutiques (références 1-3).

Les objectifs spécifiques sont les suivants :

• Analyser des données scRNA-seq pour cartographier les différentes populations cellulaires au sein de méningiomes.

• Identifier des trajectoires différentielles de développement des populations cellulaires, en utilisant des outils d’analyse comme Monocle ou Seurat.

• Étudier l’expression différentielle de gènes impliqués dans le cycle cellulaire, la différenciation et les voies de signalisation oncogéniques.

• Étudier les mécanismes de communication cellulaire à l’aide de modèles d’interactions ligands-récepteurs pour identifier des signaux potentiellement pathogènes.

• Comparer les profils des méningiomes à des données provenant de tumeurs humaines afin d’identifier des similitudes ou des différences significatives.

• Identifier des gènes ou voies spécifiques aux populations pathogènes pouvant servir de cibles pour le développement de nouvelles thérapies médicamenteuses.

Profil recherché:

Nous recherchons une personne intéressée par l’application de la bio-informatique à l’immunologie, motivée par les nouvelles technologies omiques et leur traitement computationnel et appréciant d’apprendre et d’évoluer dans un environnement dynamique et en constante évolution.

• Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.

• Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.

• Travail en équipe.

Compétences demandées:

• Bonne connaissance du langage R. 

• Connaissance en administration système sous Linux.

• Connaissance des méthodes d’analyses des données transcriptomiques (en particulier single-cell RNA-seq)

• Connaissances des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (PCA, UMAP...)

• Bonne pratique de l’anglais scientifique écrit et oral.

Environnement:

Le stage se déroulera au CIML, centre d’immunologie de renommée internationale, localisé sur le campus universitaire de Luminy, au sud de Marseille. Vous travaillerez au sein d’une collaboration pluridisciplinaire entre l’équipe du Dr Rua du CIML, expert en immunologie, et le CB2M situé dans le même institut.

Le groupe CB2M (Computational Biology, Biostatistics & Modeling), qui organise et fédère les bio-informaticiens et bio-informaticiennes du CIML (~20 personnes), co-encadrera votre activité. Au sein du CB2M, vous bénéficierez de l’expertise existante sur les méthodes d'analyse « single-cell & spatial transcriptomics », et sur les outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data). Dans une salle dédiée, vous serez quotidiennement entouré par la majorité des bio-informaticiens et bio-informaticiennes du CIML et participerez activement au dynamisme de cette communauté (voir plaquette jointe pour plus de détails).