Mots-Clés

données hétérogènes visualisation base de données interface web

Description

Titre

Adaptation de l’application Genoscapist pour l’étude de l’hétérogénéité phénotypique et l’adaptation à l'hôte pendant la phase stationnaire chez les Firmicutes pathogènes sporulants

Durée

6 mois de stage.

Contexte

L’unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l’Environnement (MaIAGE)1 est située sur le centre INRAE2 de Jouy-en-Josas. Cette unité de recherche regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des bioinformaticiens et des biologistes qui développent des méthodes pour répondre à des questions de biologie et agro-écologie, allant de l'échelle moléculaire à l'échelle du paysage en passant par l'étude d'individus, de populations et d'écosystèmes. MaIAGE est structurée en cinq équipes dont l’équipe Bioinformatique et statistique des données “omiques” (StatInfOmics)3. StatInfOmics vise à développer et mettre en œuvre des méthodes statistiques et bioinformatiques dédiées à l’analyse de données “omiques”. Cette proposition de stage s’inscrit dans le cadre du projet ANR PHHASt4 autour de l’étude de l’hétérogénéité phénotypique et l’adaptation à l'hôte pendant la phase stationnaire chez les Firmicutes pathogènes sporulants impliquant l’équipe StatInfOmics.

Missions

L’unité MaIAGE développe l’application Genoscapist5,6 qui permet la visualisation de profils quantitatifs et de données d’annotation le long d’un génome de référence via une interface web. Les données mises à disposition sont stockées dans une base de données relationnelle. Le ou la stagiaire aura pour mission d’intégrer les données (RNA-Seq, Tn-Seq) du projet PHHASt dans cette base de données mais également de faire évoluer l’interface web existante afin de les visualiser. Les données à intégrer seront fournies ou à formater selon les formats standards en bioinformatique (GenBank, GFF, BedGraph, …). Le ou la stagiaire exécutera un workflow de pré-traitement des données existant sous Snakemake et y apportera des modifications si nécessaire.

Contexte informatique

• Python, Javascript, JQuery
• Snakemake
• PostgreSQL

Références

1 Unité MaIAGE, https://maiage.inrae.fr/ 

2 INRAE, https://www.inrae.fr/ 

3 Equipe StatInfOmics, https://maiage.inrae.fr/fr/statinfomics  

4 Projet ANR PHHASt, https://anr.fr/Projet-ANR-22-CE20-0013 

5 Application Genoscapist, https://genoscapist.migale.inrae.fr/ 

6 Dérozier S et al. Genoscapist: online exploration of quantitative profiles along genomes via interactively customized graphical representations. Bioinformatics. 2021. DOI:10.1093/bioinformatics/btab07