Mots-Clés

métaprotéomique, métagénomique, multi-omiques, statistiques multivariées longitudinales, microbiologie des sols

Description

Ce poste postdoctoral est proposé dans le laboratoire Li2D (CEA) dans le cadre du projet ANR oMIMo qui vise à découvrir les processus microbiens clés associés à l'arsenic (As) et à la mobilité des métaux dans les déchets miniers phytostabilisés (https://anr.fr/Projet-ANR-22-CE04-0012).

Cette offre concerne plus précisemment le volet analyse moléculaire multi-omique (métagénomique et métaprotéomique) permettant d'accéder au profilage des organismes présents dans les différents échantillons, à leurs catalogues de gènes par séquençage métagénomique, et à leur activité réelle par métaprotéomique, qui donne accès aux protéines exprimées, dont les enzymes impliquées dans les voies métaboliques des métaux ou des métalloïdes.

Les échantillons sont collectés à partir d'une expérience avec suivi de 18 mois en mésocosme où le sol contaminé par l'Arsenic provenant d'une mine d'étain est utilisé pour le suivi longitudinal de nombreux paramètres géochimiques après stabilisation puis amendements organiques et inorganiques et plantation de Festuca rubra. Les échantillons collectés et stockés dans le cadre du projet seront analysés en début de postdoc conjointement par métagénomique WGS et métaprotéomique. La métaprotéomique en particulier sera réalisée dans le laboratoire CEA Li2D qui possède une expérience reconnue en métaprotéomique et utilise des spectromètres de masse de dernière génération, permettant la plus grande sensibilité et exhaustivité pour la collecte de données sur les micro-organismes, à la fois du point de vue taxonomique et fonctionnel. Les données de séquençage métagénomique spécifiques à l'écosystème permettront d’explorer la présence de gènes d’intérêt et d’assurer la prise en compte de micro-organismes qui pourraient être absents des bases de données généralistes. Les informations sur les réactions microbiennes permettront d’améliorer les performances prédictives des modèles de transport réactif (MTR) développés au BRGM pour mieux gérer les risques associés à la distribution spatiale et temporelle des espèces chimiques dans les déchets miniers.

Les missions comprennent

- la collecte et le traitement des données WGS et de spectrométrie de masse, en incluant les optimisations spécifiques au type d'échantillons si nécessaire.

- les analyses méta-omiques avec ré-examen des méthodes disponibles dans la communauté pour les bases de données métagénomiques et la construction de MAGs, et utilisation des méthodes maîtrisées au laboratoire pour l'identification de peptides métaprotéomiques, leur quantification et la cartographie des taxons, des protéines et des fonctions associées.

- la surveillance d'enzymes spécifiques liées aux métabolismes d'intérêt tels que les processus liés à l'Arsenic.

- les analyses longitudinales multivariées des jeux de données multi-omiques pour caractériser les fonctions et les voies métaboliques associées aux micro-organismes dans le cours de l’expérience en mésocosme.

- la valorisation des résultats du projet dans des publications à comité de lecture et des présentations lors de conférences.

Formation : Doctorat en bioinformatique, biostatistique, analyse de données omiques ou domaines connexes

Connaissances, compétences et aptitudes requises : 

     - Expertise en analyse de données omiques et/ou analyses statistiques multivariées, en particulier longitudinales

     - Connaissance de R et/ou Python

     - Anglais courant

     - Compétences en communication orale/écrite pour les publications et les présentations

     - Esprit d'équipe

Lieu de travail : Li2D (CEA), RD765, 30200 Codolet à 20 km d‘Orange, 30 km d’Avignon