Mots-Clés

Bioinformatique Biostatistiques Génomique Multi-omique Cancer Onco-hématologie Immunologie

Description

[CDD ingénieur] Bioinformaticiens H/F - dès janvier 2025 - 12 à 36 mois - renouvelable - Nancy

Le laboratoire NGERE (Nutrition, Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux - Unité INSERM 1256, https://ngere.univ-lorraine.fr) recrute plusieurs ingénieur(e)s bioinformaticien(ne)s sur différents projets touchant à l'onco-hématologie, en génomique des lymphomes et en immunogénomique. Ceux-ci rejoindront l'équipe et la plateforme de bioinformatique/biostatistiques du laboratoire (https://ngere.univ-lorraine.fr/en/technical-platforms-equipment/bioinformatics/), participeront aux analyses de données omiques et multi-omiques (protéome, transcriptome, méthylome, exome, génomes), en bulk ou single-cell, de cytométrie en flux (jusqu'à 40 marqueurs sur plusieurs dizaines de millions de cellules), et pangénomiques (GWAS et pheWAS sur les données de la UK Biobank). L'équipe accueille actuellement des ingénieurs, des doctorants, des Master et recrute des post-doctorants. Selon les projets, les ingénieurs seront aussi intégrés aux équipes de recherche du laboratoire (équipe 2 NGERE : Déterminants environnementaux, biologie intégrative multi-omique et médecine de précision de l'obésité, des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin et des cancers, groupe "génomique des cancers") et d'une équipe collaboratrice du laboratoire IMOPA, situé sur le même campus (https://imopa.cnrs.fr/fr/accueil/, équipe ClmIND - Cell engineering and Immunomodulation of Inflammatory and Neoplastic Disorders).

Une partie du groupe "Génomique des cancers" de NGERE s'intéresse aux hémopathies malignes comme les lymphomes et les myélodysplasies, notamment à la transformation des lymphomes de bas grade en lymphomes agressifs de type lymphomes B diffus à grandes cellules (LBDGC), et LBDGC secondaires (évolution tumorale d'une leucémie ou d'un lymphome pré-existant) et particulièrement au Syndrome de Richter (SR), une transformation très agressive, chimioresistante et dramatique de la leucémie lymphoïde chronique (LLC). Nous y avons développé des approches omiques, en transcriptomique, en épigénomique (miRnome, méthylome de l'ADN, modifications de la chromatine), en protéomique et phosphoprotéomique. Nos collaborations s'étendent à l'international pour notre expertise en multi-omiques et génomique intégrative appliquées à la caractérisation moléculaire et à l'évolution clonale du SR à partir de la LLC (Moulin et al, Am J Hematol, 2021, Broséus & Hergalant et al, Nat Commun, 2023, Parry et al, Nat Med, 2023, Parry et al, Cancer Cell, 2023, Ten Hacken et al, Blood Cancer Discov, 2023).
 
L’équipe ClmIND d'IMOPA s’intéresse à l’étude de l’immunomodulation cellulaire en contexte inflammatoire et néoplasique et en particulier aux mécanismes de régulation intrinsèque des cellules immunitaires effectrices ou régulatrices en réponse aux modulations de leur environnement. L’équipe bénéficie d’une expertise nationale et internationale dans le domaine de l’ingénierie et des immunothérapies cellulaires ainsi que la compréhension des mécanismes d’échappement aux immunothérapies. L'ingénieur bioinformaticien participera aux projets de recherche de l’équipe, notamment dans l'analyse de données à haut débit (séquençage génomique, transcriptomique y compris à cellules uniques, épigénétique, metagénomique) pour l'étude des mécanismes de surveillance anti-tumoral, d’échappement immunitaire, et d’évolution clonale dans les hémopathies malignes. Il/elle développera, appliquera et optimisera des outils bioinformatiques pour traiter, analyser et interpréter ces données.

En plus des bioinformaticiens, les ingénieurs seront amenés à travailler étroitement avec hématologues, immunologistes et étudiants (biologistes, médecins). Ils participeront à des projets innovants à la pointe de la technologie, à la diffusion des résultats (publications, congrès, ...) et évolueront dans un environnement dynamique et gratifiant, ouvert sur les collaborations.

Formation : universitaire (M2, thèse) ou école d'ingénieur.
Profil type : bioinformaticien/génomicien/biostatisticien/développeur expérimenté.
Localisation : Campus Biologie Santé de Nancy-Brabois.
Durée : 1 an, renouvelable.
A pouvoir : à partir de janvier 2025 et au fil des candidatures.
Rémunération : selon niveau et expérience, en fonction des grilles officielles de l'Université, de l'Inserm et du CNRS.

Compétences requises :

- Expérience avec les outils bioinformatiques d’analyse NGS (transcriptome-seq, scRNA-seq, CHIP-seq,...) et puces (méthylome EPIC/450k, GWAS, ...)

- Bonne connaissances en représentation des données/résultats à l'échelle du génome

- Connaissances en biologie des systèmes et multi-omique

- Maîtrise de l'environnement Linux/Unix, des interpréteurs de commande (+ langages de scripts bash/sh/...) et des expressions régulières.

- Bonnes connaissances en programmation et utilisation courante d’au moins un langage parmis R, Python, Perl, Java

- Connaissances en ingénierie système et infrastructures informatiques de type cluster

- Rigueur et intégrité scientifique, communication claire des résultats, autonomie, initiative, curiosité

Compétences souhaitées :

- Connaissances en biologie, en métabolisme, en génétique, et en oncologie

- Connaissances en immunologie et en hématologie

- Connaissances en biostatistiques et en analyses non supervisées

- Expérience en analyse et intégration des données

- Connaissance des bibliothèques de jeux de données publics

- Une expérience avec le traitement bioinformatique des données de cytométrie de flux et de cytométrie de masse serait un plus

- Bon formateur apprécié

- Bon niveau d’anglais lu, écrit, parlé

Merci d’envoyer votre CV et une lettre de motivation accompagnés de 2 références/contacts à : Sébastien Hergalant - sebastien.hergalant@univ-lorraine.fr