Mots-Clés

PCR conventionelle PCR long-range PCR temps-réel Séquençage long-reads ONT Metabarcoding 18S

Description

Les approches de métabarcoding permettent d’analyser la biodiversité en combinant PCR et séquençage, et offrent des perspectives intéressantes en termes de diagnostic et de surveillance des organismes pathogènes. Par ailleurs, l’association de ces approches aux techniques PCR « long-range » & séquençage « long reads » permettent d’affiner la position taxonomique des micro-organismes identifiés dans l’échantillon analysé.

L’Ifremer a développé des approches de Metabarcoding dans le cadre du projet ROME, un Réseau d’Observatoires de Microbiologie Environnementale intégrée https://rome.ifremer.fr/.

L’objectif du stage est d’optimiser ce type d’approche pour la détection spécifique des parasites protozoaires affectant les coquillages. L’étudiant aura pour mission: 1) d’optimiser les méthodes PCR 18S long-range et 2) d’évaluer les performances de l’approche Métabarcoding long-read pour détection des parasites de coquillage.

Activités principales :

• Optimiser les méthodes PCR conventionnelles 18S long-range (test de différents MasterMix et différentes amorces universelles 18S, test de différentes stratégies permettant de limiter l’amplification de l’ADN de l’hôte…).
• Réaliser les analyses de metabracoding sur des jeux d’échantillons témoins : préparation des librairies et  séquençage ONT Minion.
• Analyse des résultats de metabarcoding via le pipeline Samba.
• Comparaison des performances du metabarcoding et de la PCR temps réel pour la détection des principaux parasites de coquillages.

Le candidat idéal aura une double compétence en biologie moléculaire et bioinformatique.