Mots-Clés

Snakemake, variant calling, short read sequencing

Description

Au sein du pôle Innovation et Données (I&D) de la DSN de l'AP-HP, la plateforme de bioinformatique MOABI a pour missions la centralisation progressive du stockage des données de génomique produites au niveau de 39 hôpitaux, leur analyse dans le cadre de processus maitrisés et normalisés, la mise à disposition d’outils d’exploitation des résultats, l’animation d'une communauté bioinformatique de l’AP-HP regroupant plusieurs dizaines d'ingénieurs, le support technique et scientifique, la formation et la veille technologique en bioinformatique.

Description du stage :
Nous recherchons un(e) stagiaire en Master 2 pour participer au développement d’un nouveau pipeline d’analyse de données de panels. Le projet consistera à :

• Développer un pipeline en utilisant Snakemake pour le traitement des données de séquençage.

• Effectuer une recherche bibliographique sur les outils bioinformatiques disponibles.

• Construire des conteneurs Docker si nécessaire pour les nouveaux outils à intégrer.

• Tester le pipeline sur un jeu de données et analyser les résultats

• Étudier l’impact de diverses modifications, telles que la mise à jour ou le remplacement de certains logiciels et la suppression de certaines étapes.

• Evaluer les performances du nouveau pipeline en le comparant avec les pipelines existants sur la plateforme

Compétences techniques requises :

• Bonne maîtrise des langages Python et Bash.

• Connaissance de Snakemake.

• Expérience de l’environnement Linux/Unix.

• Familiarité avec les données de short read sequencing.

• Connaissances en bioinformatique : contrôle qualité, mapping, variant calling.

Compétences personnelles recherchées :

• Excellentes qualités relationnelles et sens du travail en équipe.

• Bonnes capacités organisationnelles et de communication.

• Rigueur, autonomie, et dynamisme.

• Curiosité, adaptabilité, et capacité à anticiper.

• Intérêt marqué pour les sciences biologiques et/ou médicales.

• Adhésion aux valeurs du service public et au domaine de la santé.

• Esprit de partage des connaissances et des compétences.

Informations complémentaires :

• Durée du stage : 6 à 8 mois.

• Dossier de candidature : Envoyer une lettre de motivation et un CV.

Contacts:

• ismael.padioleau@aphp.fr, guillaume.meurice@aphp.fr, mathilde.bertrand@aphp.fr