Mots-Clés

scRNA-seq santé workflow FAIR

Description

Le Centre Turing pour les systèmes vivants (CENTURI) recherche un stagiaire data scientist, ayant un fort intérêt pour l’analyse des données -omiques, principalement issues du séquençage à haut débit. L’étudiant travaillera à un projet de recherche académique, au sein d’une plateforme d’ingénierie dotée de compétences variées.

Lors de son stage, l’étudiant travaillera plus spécifiquement sur un projet de recherche visant à étudier le réseau d’interactions liguant-récepteur dans le microenvironnement tumoral, en particulier sur le dialogue bidirectionnel entre des cellules neuronales et tumorales, via des données de single-cell RNA-sequencing.

Description du projet de stage

Les écosystèmes tumoraux sont composés de multiples types cellulaires, incluant des cellules malignes et non malignes (stromales, immunitaires et neuronales), qui communiquent via des interactions ligand-récepteur. Cependant, notre compréhension du réseau complexe des interactions cellule-cellule, en particulier du dialogue bidirectionnel entre les cellules neuronales et la tumeur, reste incomplète. L'objectif de ce stage est de construire le réseau d'interactions ligand-récepteur entre les tumeurs pancréatiques et les sous-types de neurones sensoriels en utilisant des données de single-cell RNA-sequencing, afin d'identifier les voies de signalisation impliquées dans la régulation de l'innervation tumorale.

Les objectifs spécifiques du projet de stage sont les suivants :

1- Sélectionner, récupérer et pré traiter des données de single-cell RNA-seq les plus pertinentes pour le projet.

2- Identifier des ligands et récepteurs exprimés à partir de listes issues de bases de données telles que CellPhoneDB, CellChat ou de la littérature scientifique.

3- Analyser les interactions ligand-récepteur en faisant correspondre les ligands exprimés dans les cellules tumorales avec les récepteurs exprimés dans les neurones (et vice versa).

4- Identifier les ligands et récepteurs impliqués fonctionnellement dans l'innervation tumorale via les informations issues de la Gene Ontology.

Missions

L'étudiant(e) sera chargé(e) de:

• Prendre en charge les analyses en  bioinformatique.

• Se documenter sur les meilleures méthodes actuellement publiées pour parvenir aux résultats demandés. Cela implique la compréhension et la mise en œuvre de ces méthodes pour comparer les résultats.

• Concevoir des rapports d'analyse pour communiquer ses résultats aux collaborateurs ainsi qu’aux ingénieurs de la plateforme.

• Mettre en place un pipeline d'analyse et l’intégrer sur le serveur de la plateforme pour la réutilisation et la reproductibilité de celui-ci.

Profil recherché

Nous recherchons un(e) étudiant(e) de niveau BAC+5, en Master ou en École d’Ingénieur, avec une spécialisation en Data Science ou en Bioinformatique, ayant un fort intérêt pour l’analyse des données -omiques, en particulier pour le single-cell RNA-seq. Le/la stagiaire analysera les données Single-Cell RNA-seq en veillant à appliquer les bonnes pratiques de l’open science (principes FAIR).

Nous recherchons une personne rigoureuse et autonome, capable d'interagir aisément avec des équipes pluridisciplinaires (biologie, bio-informatique, physique, mathématiques, informatique) et de communiquer sur ses choix d'analyse et ses résultats. Une maîtrise des langages de programmation python/R est requise. Un intérêt pour la neuroscience et la cancérologie ainsi que pour les méthodes mathématiques et l’interprétation biologique serait un plus.

Modalités d’accueil

Le Centre Turing pour les systèmes vivants (CENTURI) est un centre de recherche interdisciplinaire basé à Marseille. L'objectif du projet CENTURI est de déchiffrer la complexité des systèmes biologiques à travers la compréhension de la façon dont la fonction biologique émerge de l'organisation et de la dynamique des systèmes vivants. Dans ce contexte, la plateforme multi-ingénierie pour les systèmes vivants (MEP CENTURI UAR 2027 – US 60) (https://centuri-livingsystems.org/multi-engineering-platform/) a été créée pour fournir une expertise supplémentaire pour la recherche universitaire, dans le domaine de la bioinformatique mais également du traitement de l'image, de la mécatronique et de la gestion des logiciels/données. Les ingénieurs sont là pour aider et conseiller la communauté CENTURI dans leurs questions de recherche quotidiennes et participer à des projets à plus long terme.

Ce projet de stage est issu d’une collaboration interdisciplinaire entre le service bioinformatique de la MEP CENTURI et l’équipe "Neural plasticity in cancer development" de l’Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM).

Le stage se déroulera au sein de la MEP CENTURI avec le Dr. Thomas Vannier, ingénieur de recherche en bioinformatique et responsable Data Lab de la MEP CENTURI. Une interaction régulière sera maintenue avec le Dr. Fanny Mann, directrice de recherche au CNRS à l’IBDM et porteuse de ce projet de recherche.

L'étudiant(e) sera formé aux analyses de données single-cell RNA-seq ainsi qu'au développement de workflow repoductible.

Une bonne expérience dans les analyses ligant-recepteurs est présente dans l’équipe CB2M du Centre d’Immunologie de Marseille Luminy (CIML) avec qui le stagiaire pourra être aidé dans ses choix méthodologiques.

Sous réserve d’intérêt mutuel, à la fin du stage, CENTURI pourra proposer un contrat à durée déterminée de 1 an (renouvelable) en tant qu’ingénieur d’étude Data Scientist, au sein de la plateforme multi-ingénierie CENTURI.